内分泌代谢科历史悠久，20世纪50年代由我国著名内分泌科专家胡远峰教授创立，在国内率先开展了磺脲类降糖药的临床研究，1978年成立糖尿病研究室，在全国率先开展胰岛移植研究，糖化血红蛋白及胰岛细胞抗体检测方法均处于国际领先水平。1992年正式建制建立内分泌科，张洪德教授，邵安华教授，盛正妍教授先后担任科主任或学科带头人，为科室发展做出了卓越的贡献，2005年起彭永德教授担任科主任及学科带头人。科室主要承担糖尿病、甲状腺疾病、代谢性骨病以及其他内分泌相关疾病的临床医疗、科研和教学工作。目前是上海交通大学医学院的内科学（内分泌代谢专业）硕士及博士学位授予点，是医院最早培养研究生的专业之一，是医院首批获得国家临床药理研究基地之一。目前为全国糖尿病教育管理认证单位，骨质疏松症诊疗技术协作基地，全国骨质疏松症诊断及质量控制标准试验基地，内分泌专业博士后培养基地，上海市住院医师及内分泌专科医师规范化培训基地。

　　近年来科室对内分泌代谢疾病发病机制进行了深入的研究。承担多项国家级及市级研究课题，内容涉及胰岛素抵抗机制、代谢性炎症、氧化应激、孕妇甲状腺功能评估及干预治疗及骨质疏松症药物治疗等多个领域。

　　科室北部设病床32张，年出院患者1400人次，开设内分泌普通门诊、内分泌专病门诊、骨质疏松症门诊、内分泌专家门诊及特需门诊，年门诊量超17万人次；南部设床位16张，年出院患者800人次，年门诊量7万余人次。科室在编医生27人，其中正高职称3人，副高职称10人；博士生导师1人，硕士生导师4人；博士学历10人，硕士学历12人；糖尿病研究室在编5人，其中终身教授1人。行政主任彭永德，南部执行主任吴艺捷，行政副主任王育璠。