全国治疗综合疾病比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、四川大学华西医院，3、北京301医院，4、上海交通大学医学院附属瑞金医院，5、复旦大学附属中山医院；北京协和医院综合疾病医疗设施齐全，在综合疾病治疗方面有着丰富的经验；四川大学华西医院综合疾病医疗储备人员丰富，对综合疾病有着独到的见解和优势。