安徽合肥治疗综合疾病比较好的三级医院有1、安徽医科大学第四附属医院，2、合肥市第三人民医院；安徽医科大学第四附属医院综合疾病医疗设施齐全，在综合疾病治疗方面有着丰富的经验；合肥市第三人民医院综合疾病医疗储备人员丰富，对综合疾病有着独到的见解和优势。