福建治疗儿童疾病比较好的二级医院有1、厦门新开元医院，2、福州台江医院，3、福州和暖医院；厦门新开元医院儿童疾病医疗设施齐全，在儿童疾病治疗方面有着丰富的经验；福州台江医院儿童疾病医疗储备人员丰富，对儿童疾病有着独到的见解和优势。