山东济宁治疗综合疾病比较好的二级医院有1、山东省医学科学院第三附属医院，2、曲阜市第二人民医院，3、山东拖拉机厂职工医院，4、兖矿集团第三医院，5、兖矿集团南屯矿医院；山东省医学科学院第三附属医院综合疾病医疗设施齐全，在综合疾病治疗方面有着丰富的经验；曲阜市第二人民医院综合疾病医疗储备人员丰富，对综合疾病有着独到的见解和优势。