北京治疗综合疾病比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、北京301医院，3、中国人民解放军总医院第四医学中心，4、北京市第一中西医结合医院，5、北京市耳鼻咽喉科研究所；北京协和医院综合疾病医疗设施齐全，在综合疾病治疗方面有着丰富的经验；北京301医院综合疾病医疗储备人员丰富，对综合疾病有着独到的见解和优势。