全国治疗扁平疣比较好的三甲医院有1、四川大学华西医院，2、北京301医院，3、上海交通大学医学院附属瑞金医院，4、复旦大学附属中山医院，5、北京大学第三医院等，扁平疣属于儿科，四川大学华西医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京301医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名四川大学华西医院儿科

第二名北京301医院儿科
中国人民解放军总医院（301医院）创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。
第三名上海交通大学医学院附属瑞金医院儿科
上海瑞金医院建于1907年,原名广慈医院,是一所三级甲等大型综合性教学医院。医院设有34个临床科室、9个医技科室;现有国家教育部重点学科3个(内分泌、血液、消化),上海市重中之重学科1个(血液),上海市重点学科1个(内分泌),上海市优势学科一个(肾脏),上海市教委重点学科6个(消化外科、血液科、内分泌科、骨科、烧伤科、心脏内科),上海市卫生局医学领先专业重点学科3个(消化外科、血液科、肾脏内科)。
第四名复旦大学附属中山医院儿科
复旦大学附属中山医院是国家卫生和计划生育委员会预算管理单位，是复旦大学的附属综合性教学医院。医院开业于1937年，是当时中国人管理的第一所大型综合性医院，隶属于国立上海医学院，医院设有除儿科以外的所有科室、综合实力雄厚。心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位。国家临床重点专科18个：消化科、检验科、麻醉科、心血管内科、内分泌科、胸外科、心脏大血管外科、临床护理、中医脑病科、呼吸内科、肾病科、普通外科、重症医学科、肿瘤科、医学影像科、器官移植科、急诊医学科和神经内科。心血管病和肝肿瘤为上海市临床医学中心。
第五名北京大学第三医院儿科
北京大学第三医院建于1958年，国家卫生健康委委管医院，集医疗、教学、科研、预防、康复与保健为一体的综合性三甲医院。2018年底，在岗职工5157人，开放床位1891张。医院有36个临床科室、10个医技科室。有27个博士点、1个临床博士后流动站。在岗博士生导师57人，中国科学院院士1人、中国工程院院士2人，国家千人计划1人，国家自然科学基金杰出青年基金获得者3人、科技部“973”首席科学家1人、教育部“长江学者特聘教授”2人，2人入选国家级“新世纪百千万人才工程”，青年千人计划1人，国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者4人，卫生部突出贡献专家10人。 [收起]