全国治疗自闭症比较好的三级医院有1、深圳市康宁医院，2、北京市昌平区中西医结合医院，3、北京老年医院，4、福建省福州儿童医院，5、大连市第七人民医院等，自闭症属于精神科，深圳市康宁医院精神科疾病医疗设施齐全，在精神科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京市昌平区中西医结合医院精神科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名深圳市康宁医院精神科
深圳市精神卫生中心(深圳市康宁医院)是深圳市卫生人口计生委直属医疗卫生单位,三级医院,深圳市精神卫生中心业务科室设置分为三个系列：临床服务系列、社会防治系列、科学研究系列。临床服务系列：门诊部设有普通精神科、老年精神科、心理咨询科、心理评估科、儿童心理科、儿童心理康复教育训练科以及情感障碍专病门诊、睡眠障碍专病门诊、法医精神病司法鉴定所等。住院部设有1个全开放的心理治疗病区(一病区)和4个部分开放的精神科病区(二至五病区)。社会防治系列：设心理危机干预部、心理培训部、精神康复部、健康教育部、社区督导部、流调监测部等。精神卫生公共卫生的重要组成部分。
第二名北京市昌平区中西医结合医院精神科
北京市昌平区中西医结合医院（原北京市昌平区华一医院），始建于1974年。自2009年以来，因主要以中西医结合治疗精神病、骨伤病、脑病为医疗特色。
第三名北京老年医院精神科
北京老年医院是市属三级医院、是北京中医药大学附属医院。医院担负着老年人急诊医疗、急性后期康复、临终关怀、慢病管理和健康体检等任务;是北京市老年卫生服务指导中心，承担全市医护人员老年医学的培训任务;是北京老年健康服务体系建设的龙头单位，也是全国老年医院联盟理事长单位。
第四名福建省福州儿童医院精神科
福建省福州儿童医院于1986年6月1日开诊，是一所集儿童医疗、保健、康复、科研、教学为一体的三级综合性儿童专科医院。医院附设福州市哮喘支气管炎研究所，挂靠福州市医学会儿科分会、小儿外科学分会和变态反应学分会和福州市中西医结合儿科学分会等四个专科学会，现为福建省儿童医疗救治体系福州分中心、是福建医科大学和福建卫生职业技术学院的教学医院、福建省住院医师规范化培训儿内科、儿外科基地。荣膺全国爱婴医院、全国模范职工之家、省级文明单位等殊荣。
第五名大连市第七人民医院精神科
大连市第七人民医院（大连市心理医院）是大连市唯一的以治疗精神、心理疾病为主的市级专科医院，始建于1954年5月4日，距今已有50多年的历史。位于大连市西南部的文化教育区域，与大连理工大学和大连海事大学毗邻，占地面积25612㎡，开设床位700张，担负着全市精神、心理疾病的医疗、教学、科研、预防、社区康复以及对外学术交流等任务；承担着大连市精神医学鉴定及辽宁省司法精神医学的鉴定任务；是大连医科大学、大连大学医学院的教学医院，是大连市医保定点医院。医院设有13个临床科室，3个门诊部（院本部门诊部、五一路心理门诊部、解放路门诊部）。 [收起]