北京治疗病毒性脑炎三级医院排名靠前的医院包括：1、北京神经外科专科医院；其中北京神经外科专科医院是北京神经外科医院专业治疗烟雾病、面神经疾病、神经肌肉病、颅骨缺损、颈动脉狭窄、脑脊液病、带状疱疹后神经痛、脑瘫、肌张力障碍等疾病。也是治疗病毒性脑炎较好的医院。