福建治疗性功能障碍比较好的三甲医院有1、福建省第二人民医院，2、福建省妇幼保健院，3、厦门市妇幼保健院等，性功能障碍属于男科，福建省第二人民医院男科疾病医疗设施齐全，在男科疾病治疗方面有着丰富的经验；福建省妇幼保健院男科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名福建省第二人民医院男科
福建省第二人民医院又名福建中医药大学第二临床医学院,是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性中医医院,医院拥有一批特色鲜明,疗效显著的重点专科与学科,康复科、脾胃科、颈椎病、肾病科、肛肠科为国家级重点专科(专病),心衰专病、脑病科、呼吸科、妇产科为省级重点专科(专病),中医骨伤病学专业是福建省211工程唯一的中医临床重点学科;体检中心,血液净化科、中医皮肤科居福建省领先水平。泌尿、神经外科、乳腺、甲状腺、眼耳鼻咽喉、断指再植、老年医学、医学美容、介入及超声等专业优势明显。
第二名福建省妇幼保健院男科
福建省妇幼保健院（福建省妇儿医院）位于道山路18号。为全国首家三级甲等妇幼保健院，全国首批爱婴医院。占地面积约2.97万平方米，建筑面积8.97万平方米，编制床位1000张，实际开放床位数950张。全院核定人员编制1346名，截至2018年12月31日共有职工1587人，其中编内1203人，编外384人，专业技术人员1478人，高级专家224人，其中正高64人，副高160人，有10名高级专家享受政府特殊津贴。2018年医院门诊量183.32万人次，住院人数5.80万人，分娩1.78万例，手术例数
第三名厦门市妇幼保健院男科
厦门市妇幼保健院、林巧稚妇儿医院，是厦门大学附属妇女儿童医院。医院坐落于美丽的鹭江之畔，与“海上花园”鼓浪屿隔海相望。医院创建于1959年，建筑面积6.3万平方米，是集保健、医疗、教学、科研为一体的大型三级甲等妇幼保健院，承担着为全市妇女、儿童提供保健及医疗服务、指导培训基层妇幼保健工作、统计全市妇幼卫生信息、健康教育、教学、科研等任务。努力降低孕产妇死亡率、婴儿死亡率，优生优育，提高出生人口素质，提高妇女儿童健康水平。 [收起]