福建厦门治疗淋菌性结膜炎比较好的三甲医院有1、厦门大学附属第一医院，2、厦门市第二医院，3、厦门眼科中心等，淋菌性结膜炎属于眼科，厦门大学附属第一医院眼科疾病医疗设施齐全，在眼科疾病治疗方面有着丰富的经验；厦门市第二医院眼科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名厦门大学附属第一医院眼科
医院有内、外、妇、儿、急诊、护理等25个临床教研室，现有临床教师1034人，博士生导师、硕士生导师107人，在院规培生及进修实习医学生1800余人（全市第1，全省第4）。现有20个国家级住院医师规范化培训基地，基地数量在闽西南地区最多最全。
第二名厦门市第二医院眼科
厦门医学院附属第二医院（厦门市第二医院）前身为创办于1898年的鼓浪屿教会医院，2003年底根据市委市政府统一部署迁至集美区,承担着辖区及周边100余万群众的医疗、预防、保健、康复服务以及急重危难患者的诊治、区域内各种突发事件的紧急医学救治以及落实医改分级诊疗任务等。2015年成功晋级三级甲等综合性医院，2017年成为厦门医学院的直属附属医院，现已成为是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院。
第三名厦门眼科中心眼科
　厦门大学附属厦门眼科中心成立于1997年11月8日，是集医疗、教学、科研、防盲为一体的三级甲等眼科医院、国家临床重点专科、国家药物临床试验机构。设有国家博士后科研工作站、院士专家工作站、全国住院医师规培基地、转化医学研究所等。 　　中心拥有员工近千人，几年来我院不断引进国内外高级眼科人才，九个亚专科已形成了老、中、青结合的学术梯队，博士生、硕士生导师十几人，并特聘国内外眼科名家组成专家顾问组... [收起]