江西治疗衣原体感染比较好的三甲医院有1、江西省儿童医院，2、南昌市第九医院，3、上饶市人民医院等，衣原体感染属于传染科，江西省儿童医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；南昌市第九医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名江西省儿童医院传染科
江西省儿童医院创建于1955年6月1日，是一所集医疗、科研、教学、保健职能为一体的全国首批三级甲等、省级综合性儿童医院，是我省儿科医学人才培养、教学基地。医院设有临床科室31个、医技科室10个，其中国家临床重点建设专科1个，省级医学领先学科9个，省级医学领先专业建设学科2个，省级儿科中心2个。
第二名南昌市第九医院传染科
南昌市第九医院（南昌大学附属感染病医院）创建于1953年，是集医疗、科研、教学和预防保健为一体的三级甲等医院。设置有内科、普外科、骨科、妇产科、呼吸科、消化内科、中医科、肝病科、感染科、重症ICU、口腔科、医美科等科室。配套设有人工肝治疗中心、血液净化中心、介入治疗室、胃镜室、检验科、病理科、医学影像科等诊疗科室。
第三名上饶市人民医院传染科
上饶市人民医院始建于1940年，初称“江西省第六行政区中心卫生院”，解放前和建国初期称“江西省立上饶医院”，1970年改名为“江西省上饶地区人民医院”，2000年撤地设市后改称为“江西省上饶市人民医院”。经过79年的历程，现已发展为全市规模最大、技术力量最雄厚、医疗设备最先进的医疗服务中心，是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合医院。 [收起]