北京治疗原发性阿米巴脑膜脑炎比较好的医院有1、北京协和医院，2、北京301医院，3、北京大学第一医院，4、首都医科大学附属北京地坛医院，5、首都医科大学附属北京佑安医院等，原发性阿米巴脑膜脑炎属于传染科，北京协和医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京301医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京协和医院传染科
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十年名列榜首。
第二名北京301医院传染科
中国人民解放军总医院（301医院）创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。
第三名北京大学第一医院传染科
北京大学第一医院(北大医院)位于北京老皇城内，是距离中南海最近的医院，是一所融医疗、教学、科研、预防为一体的大型综合性三级甲等医院。拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术，如国内首创小儿科(1940)、泌尿外科、肾脏病专业、综合医院心血管病房、小儿神经专业等。
第四名首都医科大学附属北京地坛医院传染科
首都医科大学附属医院北京地坛医院 (原名北京第一传染病医院 )始建于 1946年，是北京市卫生局直属三级甲等医院，也是北京大学医学部、北京中医药大学教学医院。国家肝病、艾滋病临床药物验证基地、国家中医药管理局中西医结合传染病临床基地设在这里。医院主要承担除结核病以外的 39种法定传染病的诊治、研究和培训任务。是一家集医疗、教学、科研、预防为一体的公共卫生临床医疗机构。建设现代化、数字化、人文化、花园式，以传染病为特色的三级甲等综合性医院是医院新的追求目标。
第五名首都医科大学附属北京佑安医院传染科
佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心。搭建国际医药科技临床与转化医学高端平台。形成了系统的内科、外科、专业辅助诊疗及临床研究四位一体的肝病中心、感染中心、消化中心、微创介入中心、妇幼中心、中西医结合中心、人工肝中心、肝脏移植中心、五官中心及急诊中心等中心化临床医疗体系和以临床检验中心、影像中心、病理中心、生物医学信息中心为一体的临床诊断体系。形成了以临床研究课题为基础的医、护、技三结合的科研小组，以及以肝病康乐家园和爱心家园为载体的医患互动会员制慢病终身随访管理服务体系。使佑安医院在病毒性肝炎与肝癌;艾滋病与新发传染病;感染免疫与生物医学三 大领域形成优势学科，从而实现组织结构合理、学科专业齐全、运营服务高效、诊疗技术精湛的完整学科发展链。 [收起]