安徽治疗巴贝虫病比较好的三甲医院有1、安徽省立医院，2、安徽医科大学第一附属医院，3、安徽省立儿童医院，4、安庆市第一人民医院，5、黄山市人民医院等，巴贝虫病属于传染科，安徽省立医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；安徽医科大学第一附属医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名安徽省立医院传染科
医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院。目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理。
第二名安徽医科大学第一附属医院传染科
安徽医科大学第一附属医院是集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的大型综合性教学医院，为国家卫生应急医疗移动救治中心和安徽省紧急医疗救治基地。医院前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年内迁至安徽怀远县，1952年迁至合肥市。1993年成为卫生部首批三级甲等医院。医院连续九年入围中国最佳医院百强榜，综合实力稳居安徽省前茅。
第三名安徽省立儿童医院传染科
安徽省儿童医院为全省一所设备先进、学科门类齐全，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的省级大型综合性三级甲等儿童专科医院。医院现为安徽省儿童医疗协会会长单位、安徽省儿科专业质控中心主任单位、安徽省新生儿急救中心和随访干预中心、安徽省儿童急救中心、北京儿童医院集团首批成员单位、长三角地区儿童医疗联盟共同发起单位；是安徽省儿科医学研究所所在单位、安徽医科大学附属省儿童医院、第十批省级博士后科研工作站（博士后创新实践基地）、国家级儿科住院医师规范化培训基地、国家级新生儿围产期医学专业专科医师培训基地；还是全省儿科重症监护专科护士培训基地、全省妇幼医护培训基地、新生儿内科培训基地、省手术室专科护士临床实践基地、省骨科专科护士临床实践基地、省肿瘤专科护士临床实践基地等。
第四名安庆市第一人民医院传染科
安庆市第一人民医院建于1953年，是皖西南地区集医疗、教学、科研、保健、预防、康复、急救、职业病防治于一体的大型三级甲等综合医院，是广东医科大学附属安庆医院、皖南医学院临床护理学院、安徽医科大学和皖南医学院教学医院、安庆市职业病防治医院，省政府指定的医学鉴定医院，是国家住院医师规范化培训基地、安徽省助理全科医生培训基地、安庆市全科医生转岗培训基地。
第五名黄山市人民医院传染科
黄山市人民医院始建于1938年，前身为屯溪市民医院。历经八十年，已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的三级甲等综合性医院，是皖南医学院附属医院、临床学院，皖南医学院硕士研究生进修班联合办学单位，浙江大学附属第一医院协作医院，中日友好医院友好合作单位，国际紧急救援中心（SOS）网络医院。2017年10月被批准为第二批国家住院医师规范化培训基地。2018年7月被批准为国家远程医疗和互联网医学中心黄山协同中心。 [收起]