北京治疗结肠瘘比较好的医院有1、中日友好医院，2、中国医学科学院肿瘤医院，3、北京中医药大学东直门医院，4、北京二龙路医院，5、中国中医科学院广安门医院等，结肠瘘属于肛肠科，中日友好医院肛肠科疾病医疗设施齐全，在肛肠科疾病治疗方面有着丰富的经验；中国医学科学院肿瘤医院肛肠科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中日友好医院肛肠科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。
第二名中国医学科学院肿瘤医院肛肠科
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是建国以来第一家肿瘤专科医院、亚洲地区最大的肿瘤防治研究中心，是国家临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究基地，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。
第三名北京中医药大学东直门医院肛肠科
东直门医院是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等中医医院，是国家中医临床研究基地，是国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，是世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地，是国家住院医师规范化培训示范基地，是首批全国示范中医院、北京市医疗保险定点医院，是国家级中医学实验教学示范中心，是教育部大学生校外实践教育基地。
第四名北京二龙路医院肛肠科
北京市肛肠医院(北京市二龙路医院)创立于1937年，是一所以治疗肛肠疾病为特色，融医疗、教学、科研、预防为一体的医保定点二级甲等医院。2012年成立了“北京市肛肠疾病研究院”。医院设有肛肠外科、内科、外科、妇科、中医科、口腔科、眼科、五官科、骨科、针灸科、皮科等27个临床科室11个医技科室，下设德胜社区卫生服务中心及七个社区卫生服务站。2012年7月在西城区德外大街16号高科技园区内北院区投入使用，床位总量达到400张，医院建筑总面积3.9万平方米。
第五名中国中医科学院广安门医院肛肠科
中国中医科学院广安门医院(暨中国中医科学院第二临床医药研究所)始建于1955年，是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，是中央干部保健基地，全国“示范中医医院”，2008北京奥运会和残奥会定点医院，北京市医疗保险A类定点医院，首都文明单位标兵，中央国家机关文明单位标兵，首都卫生系统文明单位标兵，中央国家机关平安先进单位，ISO9001质量管理认证单位，还是世界卫生组织传统医学合作中心组成单位，国家食品药品监督管理局国家药物临床实验机构，卫生部西医学习中医教学 [收起]