安徽治疗扁平疣比较好的三甲医院有1、安徽医科大学第一附属医院，2、安徽中医药大学第一附属医院，3、安徽省立友谊医院，4、合肥市妇幼保健院，5、安徽省立医院等，扁平疣属于中医科，安徽医科大学第一附属医院中医科疾病医疗设施齐全，在中医科疾病治疗方面有着丰富的经验；安徽中医药大学第一附属医院中医科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名安徽医科大学第一附属医院中医科
安徽医科大学第一附属医院是集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的大型综合性教学医院，为国家卫生应急医疗移动救治中心和安徽省紧急医疗救治基地。医院前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年内迁至安徽怀远县，1952年迁至合肥市。1993年成为卫生部首批三级甲等医院。医院连续九年入围中国最佳医院百强榜，综合实力稳居安徽省前茅。
第二名安徽中医药大学第一附属医院中医科
安徽中医药大学第一附属医院（安徽省中医院、安徽中医药大学第一临床医学院）是安徽省规模最大的综合性“三级甲等”中医医院，承担着全省中医药医疗、教学、科研、预防和保健的重要任务，是培养中医药临床人才的摇篮，是国家中医临床研究基地、国家中医药传承创新项目建设单位、国家区域中医（专科）诊疗中心，是我省干部保健定点医疗机构。
第三名安徽省立友谊医院中医科
安徽省第二人民医院座落于省会合肥市，自1951年建院至今，已风雨历程60多年，是安徽省卫健委直属的三级甲等综合性医院。。医院目前拥有7个省级临床重点专科，是安徽省危重孕产妇救治中心、安徽省危重新生儿救治中心、安徽省核辐射紧急医学救援基地、安徽省全科医学师资培训基地、国家医师资格实践技能考试（公共卫生类）基地、国家级住院医师规范化培训基地。现为安徽医科大学临床学院、安徽医专附属医院。挂设安徽省职业病防治院、安徽省眼科医院（中古友谊眼科医院）。是全国“五一劳动奖状”获奖单位，全国医药卫生系统先进集体、全国百姓放心示范医院、安徽省诚信医院。
第四名合肥市妇幼保健院中医科
安徽省妇幼保健院始建于1951年，是一所集医疗、教学、科研、保健于一体的三级甲等专科医院，担负着安徽省内妇科疾病诊治、高危妊娠处理、助产分娩、辅助生育、计划生育手术、妇幼保健、新生儿疾病治疗、乳腺病诊治等医疗保健的重要任务。目前医院拥有本部、东区（合肥市儿童医院）、西区（国际妇女儿童医学中心）、南区(滨湖院区)、临泉分院五个院区，五个院区总建筑面积35万平方米，各院区建成后我院将成为体量位居全国前列的妇幼保健院。现有在岗职工1300多名，目前实际开放床位1450张。
第五名安徽省立医院中医科
医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院。目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理。 [收起]