江苏南京治疗恶性肉芽肿比较好的三甲医院有1、东部战区总医院，2、南京医科大学第二附属医院，3、南京市胸科医院，4、南京市第二医院，5、中国人民解放军东部战区空军医院（原解放军四五四医院）等，恶性肉芽肿属于肿瘤科，东部战区总医院肿瘤科疾病医疗设施齐全，在肿瘤科疾病治疗方面有着丰富的经验；南京医科大学第二附属医院肿瘤科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名东部战区总医院肿瘤科
东部战区总医院拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个。拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选。先后有49人获得政府特殊津贴，17人次获得“何梁何利奖”“国家突出贡献中青年专家”“国家杰出青年基金”等重大奖项。
第二名南京医科大学第二附属医院肿瘤科
南京医科大学第二附属医院，暨江苏省第二红十字医院、南京医科大学第二临床医学院，是江苏省卫生健康委直属的三级甲等综合医院，现有临床科室37个，其中省级临床重点专科15个（含建设单位），分别为消化内科、小儿内科、肾脏内科、妇产科、老年医学科、内分泌科、肿瘤科、泌尿外科、眼科、耳鼻咽喉科、心血管内科、神经内科（建设单位）、普外科（建设单位）、医学影像科（建设单位）、呼吸内科（建设单位）。
第三名南京市胸科医院肿瘤科
南京市胸科医院又名东南大学医学院附属南京胸科医院，始建于1950年，承担着省、市胸部疾病的医疗、教学、科研任务。设有胸心外科、呼吸内科、心血管内科、麻醉科、重症医学科、放疗科、中西医结合科、急救中心、内镜中心等临床科室以及药学部、医学影像科、检验科、病理科、心导管室、气管镜室等医技科室。其中胸心外科、呼吸内科、心血管内科、药学部、检验科、重症医学科为南京市医学重点专科。
第四名南京市第二医院肿瘤科
南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，属于三级甲等医院。医院有国家临床重点专科1个，省重点学科、专科7个，市重点专科4个。其中感染性疾病科为国家级临床重点专科，感染性疾病学为江苏省医学重点学科。传染科、肿瘤科、妇产科、普通外科、肝病科、结核科为江苏省省级临床重点专科，中西医结合科为江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科为南京市临床重点专科。
第五名中国人民解放军东部战区空军医院（原解放军四五四医院）肿瘤科
东部战区空军医院始建于1951年，是南京首批综合性三级甲等医院，是南京市城镇职工医保、居民医保定点医院，南京市急救站分站，南京市劳动能力鉴定检查定点医院，省、市“三信三优”单位，省新农合省级联网医院，全军第二批宇航员遴选体检定点医院，全军交通医学研究所南京临床基地，安徽医科大学临床医院，第二、第四军医大学、江苏大学医学院、皖南医学院、蚌埠医学院、吉林医药学院教学医院医院率先导入国际先进的质量管理体... [收起]