福建治疗结缔组织病比较好的三甲医院有1、福建省第二人民医院，2、厦门大学附属第一医院，3、厦门中医院，4、福建医科大学附属第二医院，5、南平市人民医院等，结缔组织病属于风湿免疫科，福建省第二人民医院风湿免疫科疾病医疗设施齐全，在风湿免疫科疾病治疗方面有着丰富的经验；厦门大学附属第一医院风湿免疫科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名福建省第二人民医院风湿免疫科
福建省第二人民医院又名福建中医药大学第二临床医学院,是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性中医医院,医院拥有一批特色鲜明,疗效显著的重点专科与学科,康复科、脾胃科、颈椎病、肾病科、肛肠科为国家级重点专科(专病),心衰专病、脑病科、呼吸科、妇产科为省级重点专科(专病),中医骨伤病学专业是福建省211工程唯一的中医临床重点学科;体检中心,血液净化科、中医皮肤科居福建省领先水平。泌尿、神经外科、乳腺、甲状腺、眼耳鼻咽喉、断指再植、老年医学、医学美容、介入及超声等专业优势明显。
第二名厦门大学附属第一医院风湿免疫科
医院有内、外、妇、儿、急诊、护理等25个临床教研室，现有临床教师1034人，博士生导师、硕士生导师107人，在院规培生及进修实习医学生1800余人（全市第1，全省第4）。现有20个国家级住院医师规范化培训基地，基地数量在闽西南地区最多最全。
第三名厦门中医院风湿免疫科
厦门市中医院（厦门华侨医院），地处风景秀丽的海滨城市厦门岛几何中心，是厦门市政府、市卫生计生委直属的公立医院，医院始建于1956年，2008年 通过三级甲等中医医院的评审，目前，医院已成为一所颇具实力、中医特色优势突出的三级甲等中医院，是北京中医药大学厦门临床医学院，福建中医药大学附属医 院，福建中医药大学第三临床医学院，厦门大学医学院临床教学医院，是福建省对外中医药交流的重要窗口，是国家中医药管...
第四名福建医科大学附属第二医院风湿免疫科
福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，为英国教会医院。1973年隶属福建医科大学成为附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合医院之一，是我省主要的医疗、教学、科研、毕业后教育基地之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位，是福建省南部区域医疗中心领衔医院、福建省呼吸医学中心建设依托医院。
第五名南平市人民医院风湿免疫科
福建省南平市人民医院、福建中医药大学附属南平人民医院创建于1958年，经过五十八年的建设与发展，现已成为一所集医疗、教学、科研、急救、预防、康复和保健于一体，科室齐全、设备先进、服务优良，传统与现代相结合、特色浓郁的现代化大型综合性三级甲等中医医院。 [收起]