小儿外科其业务范围包括新生儿到18周岁的腹部、头颈部、运动系统、泌尿系统、外科感染、创伤、烧伤、肿瘤和新生儿先天性畸形等疾病。由从事小儿外科医疗专业多年，临床经验丰富的医师担任临床工作。拥有主任医师1名、副主任医师1名、硕士研究生3名、住院医师5名。
小儿外科的理念是追求手术方法与国内小儿外科中心基本同步，追求完美的治疗经过和结果。目前所开展的手术均采用当前最先进的手术方式，如腹腔镜微创手术、不开腹经肛门巨结肠根治术、保留尿道板治疗尿道下裂、重症尿道下裂均一期完成手术、Pena手术治疗肛门闭锁、离断式肾盂输尿管成形术治疗肾积水，又如Salter、Pemberton及联合骨盆截骨术治疗先天性髋关节脱位、Turco及Mckey术治疗马蹄内翻足等等，还有微创小切口治疗疝气、鞘膜积液及隐睾等，应用套环法治疗小儿包茎、包皮过长具有不开刀、无出血、不拆线的特点。
小儿外科目前，腹腔镜微创手术已被普遍开展，腹股沟疝、腹腔型高位隐睾、精索静脉曲张、肠管憩室，幽门肥厚性狭窄、小肠切除、巨结肠根治术、阑尾切除术、粘连性肠梗阻松解术，及各类急腹症、腹膜炎、血便的腹腔镜诊断及同步治疗等，均已经成为科室常规手术，特别是单孔腹腔镜腹壁无伤痕阑尾切除术，已经成为医院的技术亮点。
小儿外科每年为数以千计的患儿手术解除病痛之苦，包括很多罕见及疑难性疾病，填补省市空白多项，健康报、厦门日报、晚报、商报进行了多次报道。具体治疗的病种包括但不限于：
1、头颈部：头皮损伤、脑脊膜膨出、舌系带短缩、唇裂与腭裂、甲状舌管囊肿、颈腮源性囊肿与瘘管、耳前窦道、耳赘（小耳朵）、先天性斜颈、头颈部淋巴结炎等。
2、胸腹部：膈疝、膈膨升、先天性食道闭锁、新生儿胃穿孔、肥厚性幽门狭窄、肠闭锁、肠旋转不良、消化道重复畸形、脐窦、脐疝、脐膨出、肠套叠、先天性巨结肠、阑尾炎、腹膜炎、肠梗阻、肠息肉、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠肛门畸形、胆道闭锁、胆总管囊肿、小儿斜疝、便秘等。
3、泌尿生殖系统：肾积水、肾输尿管发育畸形、尿道下裂、隐睾、鞘膜积液、包茎、包皮过长、小阴唇粘连、两性畸形、埋藏阴茎（隐匿型阴茎）、精索静脉曲张等。
4、运动系：骨折、关节脱位、骨髓炎、化脓性关节炎、骨肿瘤、髋关节脱位、多指和并指、马蹄内翻足、脑瘫后遗症、臀肌挛缩、狭窄性腱鞘炎和腘窝囊肿、生长痛等。
5、肿瘤：各部位体表肿物、血管瘤、淋巴管瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、畸胎瘤、大网膜及肠系膜囊肿、脂肪瘤、皮脂腺囊肿等。
6、软组织感染、痱疖、脐炎、淋巴结炎。
7、小儿烧伤、烫伤及其后遗瘢痕整形等。
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