北京治疗荚膜组织胞浆菌病比较好的三甲医院有1、中国中医科学院广安门医院，2、北京世纪坛医院，3、解放军总医院第五医学中心，4、首都医科大学附属北京朝阳医院，5、中日友好医院等，荚膜组织胞浆菌病属于传染科，中国中医科学院广安门医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京世纪坛医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中国中医科学院广安门医院传染科
中国中医科学院广安门医院(暨中国中医科学院第二临床医药研究所)始建于1955年，是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，是中央干部保健基地，全国“示范中医医院”，2008北京奥运会和残奥会定点医院，北京市医疗保险A类定点医院，首都文明单位标兵，中央国家机关文明单位标兵，首都卫生系统文明单位标兵，中央国家机关平安先进单位，ISO9001质量管理认证单位，还是世界卫生组织传统医学合作中心组成单位，国家食品药品监督管理局国家药物临床实验机构，卫生部西医学习中医教学
第二名北京世纪坛医院传染科
首都医科大学附属北京世纪坛医院（北京铁路总医院），毗邻北京中华世纪坛，原为铁道部北京铁路总医院，创建于1915年，1989年通过全国首批三级甲等医院评审，为北京市属综合医院，是首都医科大学附属医院、首都医科大学肿瘤医学院、北京大学第九临床医学院、北京市中西医结合肿瘤研究所及北京世纪坛医院医联体理事单位。
第三名解放军总医院第五医学中心传染科
　　解放军302医院前身是解放战争时期的“中共中央直属机关医院”,1954年7月正式命名为“中国人民解放军第三〇二医院”。医院在肝炎、肝硬化、肝癌、肝衰竭、肝移植、艾滋病、各种感染性腹泻和中枢神经系统感染等疑难病症的诊治及研究方面处于国内领先水平。拥有亚洲首台第四代射波刀、MRI,CT、流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、全自动酶联免疫分析系统、正负压切换式病理解剖室等先进的设施设备,总价值近4亿元。
第四名首都医科大学附属北京朝阳医院传染科
首都医科大学附属北京朝阳医院建院于1958年2月24日，是北京市医院管理局直属，集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，是首都医科大学第三临床医学院，也是北京市医疗保险A类定点医疗机构。医院拥有先进的大型医用设备，包括1.5T和3.0T核磁共振成像系统、PET-CT、256排断层螺旋CT、全自动生化流水线、全数字直线加速器、数字减影血管造影X线机、数字化彩色超声波诊断仪、平板数字胃肠造影机等国际一流的医疗设备。拥有国际一流检验检测设备50余台，可开展临床检验项目近400项，并具有亲子鉴定等社会委托检测的资质。
第五名中日友好医院传染科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。 [收起]