北京治疗阿米巴肺脓肿比较好的三甲医院有1、中国中医科学院广安门医院，2、解放军总医院第五医学中心，3、北京大学第一医院，4、北京市丰台中西医结合医院，5、中国人民解放军总医院第八医学中心等，阿米巴肺脓肿属于传染科，中国中医科学院广安门医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；解放军总医院第五医学中心传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中国中医科学院广安门医院传染科
中国中医科学院广安门医院(暨中国中医科学院第二临床医药研究所)始建于1955年，是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，是中央干部保健基地，全国“示范中医医院”，2008北京奥运会和残奥会定点医院，北京市医疗保险A类定点医院，首都文明单位标兵，中央国家机关文明单位标兵，首都卫生系统文明单位标兵，中央国家机关平安先进单位，ISO9001质量管理认证单位，还是世界卫生组织传统医学合作中心组成单位，国家食品药品监督管理局国家药物临床实验机构，卫生部西医学习中医教学
第二名解放军总医院第五医学中心传染科
　　解放军302医院前身是解放战争时期的“中共中央直属机关医院”,1954年7月正式命名为“中国人民解放军第三〇二医院”。医院在肝炎、肝硬化、肝癌、肝衰竭、肝移植、艾滋病、各种感染性腹泻和中枢神经系统感染等疑难病症的诊治及研究方面处于国内领先水平。拥有亚洲首台第四代射波刀、MRI,CT、流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、全自动酶联免疫分析系统、正负压切换式病理解剖室等先进的设施设备,总价值近4亿元。
第三名北京大学第一医院传染科
北京大学第一医院(北大医院)位于北京老皇城内，是距离中南海最近的医院，是一所融医疗、教学、科研、预防为一体的大型综合性三级甲等医院。拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术，如国内首创小儿科(1940)、泌尿外科、肾脏病专业、综合医院心血管病房、小儿神经专业等。
第四名北京市丰台中西医结合医院传染科
北京市丰台区长辛店医院建于1975年3月，是一所集医疗、预防、康复、科研、教学为一体的综合性二级医院。拥有25个临床科室、10个医技科室。在岗职工576人，其中专业技术人员487人，副高以上职称57人，医学硕士、博士(博士后)共90人，国家级名老中医传承人1人，市级名老中医传承人1人，区级名老中医传承人3人，院级名老中医传承人8人。
第五名中国人民解放军总医院第八医学中心传染科
总参谋部总医院(解放军第309医院)是京西北地区唯一的三级甲等综合医院，医院目前展开床位1430余张，设置有国家和军队重点学科全军结核研究所、全军器官移植研究所、全军骨科中心等45个专业学科，年均门急诊约140余万人次、收容住院4万余人次、手术例数达2万余人次。 [收起]