福建治疗肝囊肿比较好的三甲医院有1、中山医院，2、福建协和医院，3、厦门大学附属第一医院，4、福州市第二医院，5、福建中医药大学附属人民医院等，肝囊肿属于肝胆外科，中山医院肝胆外科疾病医疗设施齐全，在肝胆外科疾病治疗方面有着丰富的经验；福建协和医院肝胆外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中山医院肝胆外科
厦门大学附属中山医院（以下简称中山医院）始建于1928年，由爱国华侨和地方知名人士为弘扬中山先生“天下为公，造福社会”的精神捐资兴建而成，时任厦门大学校长、医学专家林文庆博士出任首任院长，2005年成为厦门大学首家附属医院，现已发展成为拥有4个院区（院本部、金榜分部、厦禾分部、环东海域医院[在建]），5家社区卫生服务中心，集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院。
第二名福建协和医院肝胆外科
福建医科大学附属协和医院福建省血液病、内分泌、肝胆外科、胸心外科等11个省级研究所及其他11个校级研究机构挂靠医院。承担大量国家、省、部级科研项目，先后获得3项国家科技进步奖、国家自然科学奖，430余项省、部级等科研成果奖。协和临床医学院承担福建医科大学各相关专业的临床教学任务，福建省最早的临床医学博士、硕士点发端于我院，是国家临床教学培训示范中心、国家级住院医师、专科医师规范化培训基地、中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地。
第三名厦门大学附属第一医院肝胆外科
医院有内、外、妇、儿、急诊、护理等25个临床教研室，现有临床教师1034人，博士生导师、硕士生导师107人，在院规培生及进修实习医学生1800余人（全市第1，全省第4）。现有20个国家级住院医师规范化培训基地，基地数量在闽西南地区最多最全。
第四名福州市第二医院肝胆外科
始建于1866年的福州市第二医院，是一所以骨科为龙头，集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的三级甲等医院，前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的“海港医馆”；1887年易名为“塔亭医院”；1956年3月定名为“福州市第二医院”；2012年4月成为厦门大学非直属附属医院。经过多年不懈的努力，医院在医疗技术、设备、服务、环境、人才培养、医院管理等方面均取得跨越式的发展，荣获“全国卫生系统先进集体”、“福建省级文明单位”等多项荣誉称号。
第五名福建中医药大学附属人民医院肝胆外科
福建省人民医院（暨福建中医药大学附属人民医院）坐落于历史文化名城、海峡西岸经济区中心城市福州，毗邻上下杭历史文化街区，创办于1954年12月，是福建省人民政府创办的首家公立医院，也是福建省首家三甲中医院。历经一甲子沧桑岁月的洗礼，几代人筚路蓝缕的不懈努力，积淀了深厚的文化底蕴。现已发展成为一所名家百家辈出，中医特色鲜明，综合实力雄厚，集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的三级甲等综合性中医院。2018年位列全国中医医院百强第26位。 [收起]