北京治疗食管囊肿比较好的三甲医院有1、中国医学科学院肿瘤医院，2、首都医科大学附属北京友谊医院，3、首都医科大学附属北京胸科医院，4、解放军307医院，5、陆军总医院等，食管囊肿属于胸外科，中国医学科学院肿瘤医院胸外科疾病医疗设施齐全，在胸外科疾病治疗方面有着丰富的经验；首都医科大学附属北京友谊医院胸外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中国医学科学院肿瘤医院胸外科
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是建国以来第一家肿瘤专科医院、亚洲地区最大的肿瘤防治研究中心，是国家临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究基地，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。
第二名首都医科大学附属北京友谊医院胸外科
首都医科大学附属北京友谊医院原名为北京苏联红十字医院，始建于1952年。医院设有北京市临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所，拥有一批学科带头人和技术骨干。胃肠肝胆胰疾病诊治、泌尿系统疾病诊治和肾移植、热带病和寄生虫病诊治以及中西医结合是医院的四大专业特色。内科学(消化系病)是国家重点(培育)学科;消化内科、临床护理、地方病(热带医学)、普通外科、重症医学科、老年病科、检验科、病理科获批国家临床重点专科。
第三名首都医科大学附属北京胸科医院胸外科
北京市结核病胸部肿瘤研究所、首都医科大学附属北京胸科医院是以胸科疾病和结核病患者群体为主要服务对象，集医疗、科研、教学、预防为一体的三级甲等专科医院。创建于1955年，原名“中央结核病研究所、中央直属结核病医院”，兼设“WHO结核病研究培训合作中心”、“国家药物临床试验机构”、“中国CDC结核病防治临床中心”、“北京肺癌诊疗中心”、“北京骨关节结核诊疗中心”，是国家首批博士和硕士学位授予单位。
第四名解放军307医院胸外科
 　　中国人民解放军三0七医院又称军事医学科学院附属医院，成立于1957年，前身为国家卫生部同位素医院，1958年移交军队。医院位于北京市丰台区东大街8号，占地140亩，建筑面积21万平方米，展开床位1100余张，设置专业科室43个。现有工作人员2000余人，其中高级职称100多人，博士74人，硕士148人。现为一所医疗，教学，科研相结合的三级甲等综合性医院是北京市首批医疗保险定点医疗机构，国家卫...
第五名陆军总医院胸外科
陆军总医院成立于1913年，分东、西两院。东院位于北京市东三环麦子店，西院位于北京市东四繁华商业区，是一所历史悠久、设备精良、技术先进，集预防、保健、医疗、科研、教学、康复为一体的大型综合性医院。床位1600余张;下设50个专科、70多个专业，是解放军第二军医大学北京临床医学院、第三、第四军医大学临床教学医院，1995年5月被总后勤部授予“三级甲等医院”，2001年被北京市确定为首批医疗保险定点医院。 [收起]