全国治疗卵巢囊肿比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、华中科技大学同济医学院附属协和医院，3、北京中西医结合医院，4、中日友好医院，5、首都医科大学附属北京地坛医院等，卵巢囊肿属于妇科，北京协和医院妇科疾病医疗设施齐全，在妇科疾病治疗方面有着丰富的经验；华中科技大学同济医学院附属协和医院妇科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京协和医院妇科
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十年名列榜首。
第二名华中科技大学同济医学院附属协和医院妇科
医院由本部、西院区、肿瘤中心和金银湖国际医院（在建）组成，编制床位5000张，年门急诊量570.3万人次、住院量22.7万人次，手术量12.1万台次，主要医疗指标稳居国内前列。其中心脏移植连续5年领跑全国，心肺联合移植术、心脏移植术、连体婴儿分离术、骨髓移植、腔镜下巨结肠切除术、细胞治疗等居国内领先水平。
第三名北京中西医结合医院妇科
北京市中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院;1989年纳入全国第一批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院;1994年，遵循国家中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院;1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心;2011年启动了博士后工作流动站工作;2016年医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院;2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。
第四名中日友好医院妇科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。
第五名首都医科大学附属北京地坛医院妇科
首都医科大学附属医院北京地坛医院 (原名北京第一传染病医院 )始建于 1946年，是北京市卫生局直属三级甲等医院，也是北京大学医学部、北京中医药大学教学医院。国家肝病、艾滋病临床药物验证基地、国家中医药管理局中西医结合传染病临床基地设在这里。医院主要承担除结核病以外的 39种法定传染病的诊治、研究和培训任务。是一家集医疗、教学、科研、预防为一体的公共卫生临床医疗机构。建设现代化、数字化、人文化、花园式，以传染病为特色的三级甲等综合性医院是医院新的追求目标。 [收起]