全国治疗肛肠科排名靠前的三甲医院有1、上海交通大学医学院附属瑞金医院，2、北京世纪坛医院，3、中山大学附属第六医院，4、广州中医药大学第三附属医院，5、广州市中西医结合医院等，全国肛肠科医院排名是根据复旦医院排名、卫健委、患者口碑等要素综合产生，其中上海交通大学医学院附属瑞金医院是全国医院综合实力排行榜第4名，北京世纪坛医院是华北区变态反应科医院排行榜第3名，中山大学附属第六医院是华南区生殖医学科医院排行榜第4名。
第一名上海交通大学医学院附属瑞金医院肛肠科
上海瑞金医院建于1907年,原名广慈医院,是一所三级甲等大型综合性教学医院。医院设有34个临床科室、9个医技科室;现有国家教育部重点学科3个(内分泌、血液、消化),上海市重中之重学科1个(血液),上海市重点学科1个(内分泌),上海市优势学科一个(肾脏),上海市教委重点学科6个(消化外科、血液科、内分泌科、骨科、烧伤科、心脏内科),上海市卫生局医学领先专业重点学科3个(消化外科、血液科、肾脏内科)。
第二名北京世纪坛医院肛肠科
首都医科大学附属北京世纪坛医院（北京铁路总医院），毗邻北京中华世纪坛，原为铁道部北京铁路总医院，创建于1915年，1989年通过全国首批三级甲等医院评审，为北京市属综合医院，是首都医科大学附属医院、首都医科大学肿瘤医学院、北京大学第九临床医学院、北京市中西医结合肿瘤研究所及北京世纪坛医院医联体理事单位。
第三名中山大学附属第六医院肛肠科
中山大学附属第六医院(又名中山大学附属胃肠肛门医院,简称中山六院)是一所以胃肠肛门为专科特色的综合医院,承担医疗、教学、科研、预防和康复等任务。各临床科室齐全,开设内、外、妇、儿、耳鼻喉、口腔、中医等12个二级学科和28个三级学科。编制床位1000张,开放床位约460张。占地面积约4.3万平方米,业务用房3.6万平方米。胃肠肛门专科技术团队能解决食管、胃、小肠、结直肠、肛门等外科领域的重大、复杂和疑难病例。胃、结直肠肿瘤、肛门直肠良性疾病的诊治处于全国领先水平。代表学科有食管胃肠外科、肝胆脾胰外科、结直肠外科、肛肠外科、消化内科、炎性肠病中心、肿瘤综合治疗科、消化内镜中心和临床营养中心等。
第四名广州中医药大学第三附属医院肛肠科
广州中医药大学第三附属医院前身为广州中医学院附属骨伤科医院，创建于1985年
第五名广州市中西医结合医院肛肠科
广州市中西医结合医院为国家三级甲等中西医结合医院，国家重点中西医结合医院，开设内、外、妇、儿、骨伤、针灸康复等一级临床科室14个，特色专科门诊26个，其中医院肿瘤科是国家中医重点专科；骨伤科、脑病科、肾内科是广东省中医重点专科、广东省中医特色专科；针灸康复科是广东省中医名科及广州市中医重点专科。 [收起]