全国治疗克罗恩病比较好的三甲医院有1、汕头市中医医院，2、北京二龙路医院，3、首都医科大学附属北京朝阳医院西院，4、海南省中医院，5、广州军区总医院等，克罗恩病属于肛肠科，汕头市中医医院肛肠科疾病医疗设施齐全，在肛肠科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京二龙路医院肛肠科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名汕头市中医医院肛肠科
汕头市中医院始建于1958年9月，医院现开放床位456张，设有骨伤科、内科、急诊、ICU、外科、妇科等临床科室24个；设有住院病区（含ICU病房）11个，医技辅助科室11个。年门急诊量约26万人次、出院病人数约1.2万人次。门急诊量、出院病人数居粤东地区中医医疗机构首位。
第二名北京二龙路医院肛肠科
北京市肛肠医院(北京市二龙路医院)创立于1937年，是一所以治疗肛肠疾病为特色，融医疗、教学、科研、预防为一体的医保定点二级甲等医院。2012年成立了“北京市肛肠疾病研究院”。医院设有肛肠外科、内科、外科、妇科、中医科、口腔科、眼科、五官科、骨科、针灸科、皮科等27个临床科室11个医技科室，下设德胜社区卫生服务中心及七个社区卫生服务站。2012年7月在西城区德外大街16号高科技园区内北院区投入使用，床位总量达到400张，医院建筑总面积3.9万平方米。
第三名首都医科大学附属北京朝阳医院西院肛肠科
首都医科大学附属北京朝阳医院创建于1958年2月24日，是北京市卫生 局直属医院，是集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，是首都医科大学第三临床医学院，医疗特色学科包括呼吸病学学科（国家重点学科）、心脏病学学科、泌尿病学学科、职业病与中毒医学学科、高压氧医学学科、器官移植学科、急诊医学学科、危重症医学学科、病理产科、检验医学学科，其中多个被确定为北京市重点学科、北京市医学重点学科或北京市医学重点扶植学科。
第四名海南省中医院肛肠科
海南省中医院始建于1954年，是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的综合性三级甲等中医医院，是广州中医药大学附属医院（非直属）。医院目前编制床位900张，实际开放床位665张。现有在册人员1037人，设有临床科室24个，医技科室10个,门诊部3个。医院人才荟萃，拥有一批包括国家特贴专家、全国名中医、全国老中医药专家、省优秀专家在内的中医药专家，有高级职称124人，中级职称191人，博士硕士96名。医院还“软”引进了包括国医大师石学敏院士在内的权威中医名家33名，极大地提升了医院的综合实力。
第五名广州军区总医院肛肠科
广州军区总医院始建于1933年，是全国、全军首批三级甲等医院，医院设有60个专科，年门诊量125万人次。现拥有1个国家重点专病中心及2个博士后科研工作站；创建了创伤骨科中心、呼吸内科中心、临床麻醉中心、心血管病中心中心、激光整形中心、神经外科中心、下尿路疾病诊疗中心、辅助生育中心和临床护理培训中心9个全军医学专科(病)中心及全军临床药理基地、卫生信息技术基地；打造了12个军区医学研究所和专科中心、骨科被评为广东省重点专科，泌尿外科、心血管内科、中医科和药剂科被评为广东省特色专科。 [收起]