全国治疗儿童孤独症比较好的三级医院有1、深圳市康宁医院，2、北京市昌平区中西医结合医院，3、沈阳242医院，4、沈阳市精神卫生中心，5、浙江萧山医院等，儿童孤独症属于儿科，深圳市康宁医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京市昌平区中西医结合医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名深圳市康宁医院儿科
深圳市精神卫生中心(深圳市康宁医院)是深圳市卫生人口计生委直属医疗卫生单位,三级医院,深圳市精神卫生中心业务科室设置分为三个系列：临床服务系列、社会防治系列、科学研究系列。临床服务系列：门诊部设有普通精神科、老年精神科、心理咨询科、心理评估科、儿童心理科、儿童心理康复教育训练科以及情感障碍专病门诊、睡眠障碍专病门诊、法医精神病司法鉴定所等。住院部设有1个全开放的心理治疗病区(一病区)和4个部分开放的精神科病区(二至五病区)。社会防治系列：设心理危机干预部、心理培训部、精神康复部、健康教育部、社区督导部、流调监测部等。精神卫生公共卫生的重要组成部分。
第二名北京市昌平区中西医结合医院儿科
北京市昌平区中西医结合医院（原北京市昌平区华一医院），始建于1974年。自2009年以来，因主要以中西医结合治疗精神病、骨伤病、脑病为医疗特色。
第三名沈阳242医院儿科
242医院（沈阳医学院附属第三医院）始建于1954年,具有47年的历史,是-所集医疗、教学、科研、预防一体的市级现代化大型综合医院。毗邻北陵公园,环境优雅,空气新鲜,易于患者修养康复。242医院占地面积7.0平方米,建筑面积3.8万平方米,开设床位550张,年出院病人6774人,技术力量雄厚,现有职工681人,高级职称(包括教授、主任医师、副教授、副主任医50人,中级职称189人,初级职称392人,并拥有硕士研究生(包括在读研究生)15人。医院现有按三级甲等医院要求设置的各类一、二级临床科室26个。
第四名沈阳市精神卫生中心儿科
沈阳市精神卫生中心创建于1958年。是一所技术力量雄厚、设备先进、具有现代化科学管理体系的大型专科医院，在东北三省处于领先地位。承担着沈阳市720多万人口的精神疾病的治疗、预防、科研、教学、社区防治、精神心理卫生咨询以及精神医学司法鉴定工作。负责沈阳地区精神科专业人员的教学和培训。医院位于沈阳市浑南新区，与奥体中心相邻，环境幽雅，景色怡人。
第五名浙江萧山医院儿科
浙江萧山医院是以原萧山区妇幼保健院和区第五人民医院为基础，易地兴建的一家非营利性、公益性大型综合性医院。目前为国家三级乙等综合医院，是浙医一院和上海瑞金医院的合作医院、杭州师范大学医学院教学与研究基地、长江大学医学院和绍兴文理学院医学院的教学医院、浙江中医药大学管理学院实习基地，也是浙江省文明单位、浙江省卫生先进单位、浙江省绿色医院、浙江省平安医院、浙江省消费者满意示范单位和省、市、区三级医保定点医疗机构。 [收起]