吉林治疗小儿两性畸形比较好的三甲医院有1、长春市儿童医院，2、吉林市中心医院，3、通化市中心医院等，小儿两性畸形属于儿科，长春市儿童医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；吉林市中心医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名长春市儿童医院儿科
长春市儿童医院始建于1957年6月1日，是吉林省唯一一所集儿童疾病预防、医疗、科研、教学、康复与健康管理为一体的非营利性三级甲等儿童专科医院。医院设27个临床科室，有急诊科、重症监护病房、儿内科（消化、呼吸、神经、血液、内分泌、循环、泌尿）、新生儿内科、内镜室、儿外科（普外科、泌尿外科、心胸外科、骨科、烧伤）、新生儿外科、眼耳鼻咽喉科、麻醉科、中医儿科、皮肤科、口腔科等临床科室，检验、放射、电诊、科研、病理、药剂、临床药学、制剂等8个医技科室，医院还设置脑瘫康复、矮小肥胖、哮喘、癫痫、儿童保健、心理咨询、儿童营养、儿童女科、发育行为、近视弱视及眼病治疗、口腔正畸、物理治疗等13个特色诊室。
第二名吉林市中心医院儿科
吉林市中心医院始建于1908年（清光绪34年），至今已有105年的历史，是吉林地区规模最大，综合实力最强，集医疗、科研、教学、预防保健、康复于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，是国家卫生计生委确定的吉林省北部区域医疗中心。自2013年始中心医院正式加盟吉林大学，成为吉林大学附属吉林医院，医院正以崭新的姿态跨入新百年。
第三名通化市中心医院儿科
通化市中心医院（吉林省红十字会通化医院）建院于1949年。医院历经通化县人民医院、通化专区医院、通化医专附属医院、通化地区战备医疗队、通化地区卫生学校附属医院、通化地区医院、通化市中心医院诸多历程的风风雨雨，传承发展到今天拥有一所总院、一所肿瘤医院、一所儿童医院、六家联合体医院、长白山中药研究所和北谷医药物流公司共同组成的医药集团。成为吉林省东南部边境地区集医疗、科研、教学、保健、康复为一体，最大的国家综合性三级医院。目前，承担着吉林省东南部8个县市区和辽宁省部分地区人民群众诊疗任务。 [收起]