吉林治疗新生儿心肌炎比较好的三甲医院有1、长春市儿童医院，2、长春市中医院，3、长春市妇产医院，4、吉林省妇幼保健院等，新生儿心肌炎属于儿科，长春市儿童医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；长春市中医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名长春市儿童医院儿科
长春市儿童医院始建于1957年6月1日，是吉林省唯一一所集儿童疾病预防、医疗、科研、教学、康复与健康管理为一体的非营利性三级甲等儿童专科医院。医院设27个临床科室，有急诊科、重症监护病房、儿内科（消化、呼吸、神经、血液、内分泌、循环、泌尿）、新生儿内科、内镜室、儿外科（普外科、泌尿外科、心胸外科、骨科、烧伤）、新生儿外科、眼耳鼻咽喉科、麻醉科、中医儿科、皮肤科、口腔科等临床科室，检验、放射、电诊、科研、病理、药剂、临床药学、制剂等8个医技科室，医院还设置脑瘫康复、矮小肥胖、哮喘、癫痫、儿童保健、心理咨询、儿童营养、儿童女科、发育行为、近视弱视及眼病治疗、口腔正畸、物理治疗等13个特色诊室。
第二名长春市中医院儿科
长春中医院坐落于南关区曙光路463号，下设两个分院，地址为二道区和顺二条48号和重庆路173号。编制病床555张，设有内、外、妇、眼、骨伤、肛肠等10个疗区和辅助业务科室30余个。长春中医院在职职工679人，其中专业技术人员567人，副主任医师以上105人。
第三名长春市妇产医院儿科
长春市妇产医院始建于1896年,是一座历史悠久的专科医院。经过一个多世纪的创业,已发展为具有较强实力形成了集医疗、教、研为一体的国家级爱婴医院。医院在解决妇产科领域中各种疑难危重病例诊治工作有突破性进展-全面解决了各种产科合并症,孕产妇死亡率为零。医院全面开展了腹腔镜手术治疗妇科疾病,使手术科室在向微创无副作用的方向发展；应用国际最先进水平的宫腔镜和电子阴道镜,诊断和治疗妇女常见病及多发病；通过宫颈疾病诊治中心,对子宫颈癌做到了早发现、早诊断、早治疗；运用远程胎心监护和新生儿监护系统降低了新生儿的死亡率等等。
第四名吉林省妇幼保健院儿科
吉林省妇幼保健院成立于1985年8月，是由吉林省财政厅全额拨款、政府举办、不以营利为目的、具有公共卫生性质的公益性全民事业单位；隶属于吉林省卫生和计划生育委员会，是一所集保健、医疗、科研、教学、预防为一体的三级甲等妇幼保健院，位于长春市朝阳区建政路1051号。2014年吉林省妇幼保健院与吉林省人口生命科学技术研究院完成了内部资源整合工作，位于清华路的吉林省妇幼保健院清华院区办公楼于2016年4月份正式投入使用。拥有50万元以上的大型设备43台件，其中新购进3台目前东北三省最先进的美国VolusonE10四维彩色超声波诊断仪 [收起]