内蒙古治疗疟疾比较好的三甲医院有1、内蒙古医科大学附属医院，2、内蒙古林业总医院，3、鄂尔多斯市中心医院，4、呼伦贝尔市人民医院等，疟疾属于中医科，内蒙古医科大学附属医院中医科疾病医疗设施齐全，在中医科疾病治疗方面有着丰富的经验；内蒙古林业总医院中医科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名内蒙古医科大学附属医院中医科
内蒙古医科大学附属医院坐落于塞外青城呼和浩特，是内蒙古医科大学的直属附属医院。医院现有国家临床重点建设专科3个，分别是神经外科学、普通外科学和蒙医科学。内蒙古自治区医疗卫生领先学科8个（普通外科学、妇科学、重症医学、口腔颌面外科学、蒙医肺病学、麻醉学、放射肿瘤学、核医学），自治区医疗卫生重点学科18个（皮肤与性病学、耳鼻咽喉科学、呼吸内科学、内分泌学、肾脏内科学、消化内科学、心血管内科学、风湿病学与自体免疫病学、神经外科学、胸外科学、儿科学、实验诊断学——临床检验学、超声医学、神经内科学、产科学、急诊急救医学、医学影像学、临床护理学），有自治区级的医疗质量管理和控制中心13个。
第二名内蒙古林业总医院中医科
内蒙古林业总医院（内蒙古民族大学第二临床医学院）是一家三级甲等综合医院，医院编制床位1500张，临床科室36个、医技科室16个、临床实验室6个、临床教研室14个，设有内蒙古蜱传疾病研究所和内蒙古内分泌疾病研究所及内蒙古民族大学神经外科研究所、神经内科研究所、病理研究所。医院年门急诊量34万余人次，住院病人2.6万余人次，手术10000余例。
第三名鄂尔多斯市中心医院中医科
鄂尔多斯市中心医院始建于1950年，是鄂尔多斯唯一的三级甲等综合医院，是内蒙古医科大学临床医学院，成立了内蒙古超声医学研究所，是自治区超声质量控制中心，拥有国家级临床重点专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科。有影像科、骨科、普通外科、眼科等16个市级领先重点学科。
第四名呼伦贝尔市人民医院中医科
呼伦贝尔市人民医院是一所集医疗急救、科研教学、预防保健为一体的现代化三级综合医院；设有临床科室33个、医技科室11个、临床示教室5个。拥有一个国家扶持临床重点专科（布鲁氏菌病科），三个自治区重点学科（神经内科、肾内科、眼科）。 [收起]