北京治疗肝母细胞瘤比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、中国医学科学院肿瘤医院，3、中国人民解放军总医院第八医学中心，4、北京市昌平区中医医院，5、中国中医科学院广安门医院等，肝母细胞瘤属于肿瘤科，北京协和医院肿瘤科疾病医疗设施齐全，在肿瘤科疾病治疗方面有着丰富的经验；中国医学科学院肿瘤医院肿瘤科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京协和医院肿瘤科
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十年名列榜首。
第二名中国医学科学院肿瘤医院肿瘤科
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是建国以来第一家肿瘤专科医院、亚洲地区最大的肿瘤防治研究中心，是国家临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究基地，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。
第三名中国人民解放军总医院第八医学中心肿瘤科
总参谋部总医院(解放军第309医院)是京西北地区唯一的三级甲等综合医院，医院目前展开床位1430余张，设置有国家和军队重点学科全军结核研究所、全军器官移植研究所、全军骨科中心等45个专业学科，年均门急诊约140余万人次、收容住院4万余人次、手术例数达2万余人次。
第四名北京市昌平区中医医院肿瘤科
昌平区中医医院始建于1984年，1992年12月正式建院。医院现有职工935人，其中高级职称90人，专业技术人员占职工总数的86％，拥有固定资产1.41亿元。设有临床科室22个，病区11个，国家级中医重点专科2个，市级重点中医2个，院级重点专科2个，中医传统科室4个，“薪火传承”老中医工作室1个，医技科室10个，药剂科室10个专业组，分院2个，南院院区1个。开设床位402张。
第五名中国中医科学院广安门医院肿瘤科
中国中医科学院广安门医院(暨中国中医科学院第二临床医药研究所)始建于1955年，是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，是中央干部保健基地，全国“示范中医医院”，2008北京奥运会和残奥会定点医院，北京市医疗保险A类定点医院，首都文明单位标兵，中央国家机关文明单位标兵，首都卫生系统文明单位标兵，中央国家机关平安先进单位，ISO9001质量管理认证单位，还是世界卫生组织传统医学合作中心组成单位，国家食品药品监督管理局国家药物临床实验机构，卫生部西医学习中医教学 [收起]