消化科是院重点学科之一，有着悠久的历史和优良的文化传承。科室面积2404.19m2，核定床位108张，包括南北2个病区，门诊（消化专科门诊，专家门诊，特需门诊，脂肪肝门诊，胃食管反流门诊，胆胰门诊，便秘门诊），胃镜室、Hp室、消化疾病研究室等部门。系卫生部消化内镜培训中心、住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构和上海市胰腺疾病研究重点实验室。在老一辈消化病学家巫协宁教授、王国良教授等带领下，逐渐形成了一支技术力量强、业务精湛、作风优良的学科团队。目前医师31人（其中博士学位14人，硕士学位11人，本科学位4人，大专2人），卫技和护士人员45人，共计76人。共有正高级职称5人，副高级职称9人，中级职称24人，初级职称38人。
消化科拥有先进的诊疗及科研设备，能开展各项专科项目。常规技术有腹腔穿刺、留置胃管、留置小肠营养管、留置三腔二囊管、肝穿刺活检术、肝囊肿穿刺引流硬化术、肝脓肿穿刺引流术、电子胃镜、电子肠镜、ERCP、小肠镜、胶囊内镜、超声内镜、消化道色素内镜检查、消化道放大内镜检查、内镜下息肉摘除术等。重点技术有内镜下狭窄扩张术、消化道良恶性狭窄支架置入术、消化道良恶性病变氩气凝固治疗术、消化道黏膜肿瘤ESD术、消化道肿瘤内镜下放射性材料植入术、内镜下胆总管取石术、内镜下胆管良恶性狭窄扩张支架术、内镜下十二指肠乳头切除术、内镜下胆管良恶性狭窄扩张支架置入术、内镜下胰腺囊肿支架引流术、内镜下胰腺分裂扩张治疗术、内镜下胆胰汇流异常支架扩张引流术、超声胃镜引导下胰腺囊肿穿刺引流术、超声胃镜引导下胰腺占位穿刺活检术、超声胃镜引导下腹腔神经节阻断术等重点技术，无论是在质量上还是数量上都在上海名列前茅。
消化科特色技术：“慢性乙型病毒性肝炎肝纤维化非创伤性诊断模式的推广和应用”：通过对372例慢性乙型病毒性肝炎（CHB）患者的病理与非创伤性检测指标的研究，建立CHB肝纤维化非创伤性诊断预测模型，并验证其诊断价值。肝纤维化诊断预测模型（FPM）由α2巨球蛋白（α2MA）、年龄、γ-谷氨酰转肽酶（GGT）和透明质酸（HA）四项指标组成，判别有无明显纤维化（S2-4对S0-1）的预测模型为-13.995+3.220log（α2MA）+3.096log（年龄）+2.254log（GGT）+2.437log（HA）。其ROC曲线下面积（AUC）为0.84，以Cut-off<3.0或>8.7评估有无明显纤维化（S2-4对S0-1）敏感性为94.8%，特异性为95.2%，阴性预测值为86.1%，阳性预测值为91.1%。FPM验证后其AUC为0.77，此预测模型对诊断CHB肝纤维化具有很高的准确性，使用此模型可降低39.5%的CHB患者因纤维化分期的需要而进行肝活检。特点：1、多中心、大样本、连续性、非创伤性检测指标齐全、层次分明的科学评估各肝纤维化预测指标的价值；2、病理诊断以kappa分析进行质控，非创伤性检测指标依循证医学要求量级化或半定量化观察；3、在国内外率先建立CHB肝纤维化非创伤性诊断模型，FPM观察指标易被临床获取；4、建立的诊断预测模型不仅对判断CHB肝纤维化有很高的准确性，且可用于动态观察肝纤维化进展、预后判断和药物疗效的评估；5、FPM的AUC为0.84，达国际领先水平，与目前公认的国际其他肝纤维化非创伤性预测模型相比，组成的指标内涵新意，可反映CHB肝纤维化的病理生理特点，对临床和基础研究都有指导意义。应用推广情况：本研究所建立的模型除在本研究各参与单位应用外，已在国内38家二级和三级医院11794例CHB肝纤维化患者进行了临床应用，避免了这些患者临床肝活检的需要。自2005年起，举办学习班5次（255人次），接受全国各地的进修医生108人次，发表相关论文21篇，4篇被SCI-E和CPCI-S引用33次，14篇被CNKI引用128次，4篇论文被SCI收录，其中包括本专业的权威杂志Hepatology（IF：11.355）1篇，World J Gastroenterol（IF：2.081）3篇，SCI总影响因子达17.598。本研究所取得的结果已被“肝纤维化中西医结合诊疗指南”引用，10余次在国际和国内专业学术会议上进行了大会专题报告和学术交流并3次获奖，共培养博士研究生1名，硕士生3名，对本学科的发展有极大的推动作用。本研究所用的这些非创伤性诊断检测指标易于获得且易被患者和医生所接受，临床上绝大数较易推广应用，有非常广阔的应用前景。
消化科“胰腺炎的综合治疗”：中西医结合治疗急性重症胰腺炎以及对慢性胰腺炎的防治是我科的主要特色之一。我科先后成立了急性胰腺炎重症监护室、胰腺疾病俱乐部、交通大学医学院胰腺疾病研究所、上海市胰腺疾病重点实验室，承担了国家级、市级、局级课题共二十余项。平均每年收治急性重症胰腺炎患者30-40例，并在国内率先运用早期空肠内营养和生长激素防治急性重症胰腺炎的肠道衰竭，2006年荣获上海市科技进步三等奖。在慢性胰腺炎的研究方面，我们分别从不同的侧面探讨胰腺纤维化在慢性胰腺炎发病机制中的作用，深入开展慢性胰腺炎的临床基础工作，荣获2008年上海市科技进步三等奖。
消化科“炎症性肠病的中西医结合治疗”：近年来炎症性肠病的发病率逐年升高，若患者不能得到早期诊治，可导致终身受累。本科室巫协宁教授多年积累了丰富的炎症性肠病诊疗经验，郑萍教授系中华医学会消化病学会炎症性肠病协作组成员，消化科拥有小肠镜，胶囊内镜，超声胃肠镜等国内外最先进诊断设备，使患者能得到早期诊断及治疗。在采用国际先进的免疫调控、诱导缓解的同时，充分结合中西医结合维持缓解的优势，针对病人的不同分期、分级、分段采取个体化治疗，已取得了良好的效果。并已开展多项炎症性肠病科研项目，为患者带来更多福音。
消化科“贲门失弛缓内镜下综合治疗”：贲门失弛缓症是临床常见疾病，传统的方法主要采取内镜下水囊扩张术、肉毒杆菌毒素注射术等。虽然可取得短期的疗效，但临床复发率较高。我科从2006年开始在国内率先采用了一系列新的治疗技术，包括水囊扩张和肉毒杆菌毒素结合治疗、以及可回收金属支架长时间扩张治疗等。目前已累计完成152例患者的治疗，临床有效率达到100%，所有患者均接受临床随访，以及食管动力学方面的检测，其疗效显著优于传统的方法，复发率则明显降低。目前该项临床工作已经发表2篇论文，外投2篇SCI收录的论文，取得了良好的疗效。
消化科“复杂肝门部肿瘤内镜治疗”：肝门部肿瘤是临床常见疾病，早期起病十分隐匿，发病时大多无法手术根治，只能采取姑息治疗，目前的研究表明，手术治疗与内镜下姑息治疗的疗效相当，患者的生存期无显著差异。消化科近年来在国内较早地采取内镜下胆管多支架引流结合局部放疗的方法治疗肝门部胆管癌患者，取得了良好的效果。累计完成病例153例，术后有效率达到100%。随访结果提示，术后生存时间及肝功能改善情况明显优于传统的手术治疗。目前已发表2篇相关学术论文。
消化科“大块消化道粘膜病变内镜下治疗技术”：该项技术主要用于治疗消化道粘膜的早期癌变以及癌前病变，以及一些粘膜下肿瘤（如平滑肌瘤、间质瘤等），其核心技术主要包括内镜下大块粘膜切除术（EMR）和内镜下大块粘膜剥离切除术（ESD）等。我科从2008年开始在临床应用此项技术，目前已累计开展180余例，其中包括粘膜早期癌变、大范围扁平腺瘤、侧向发育型粘膜肿瘤、粘膜下平滑肌瘤等，取得了良好的治疗效果。仅有6例患者出现消化道穿孔和迟发性出血。所有患者均接受密切随访，未发现有病灶残留及肿瘤复发情况。目前该技术在我科得到广泛的开展，平均每周完成4-6例手术，取得了良好的社会效益和经济效益。
消化科设有胃肠、胆胰、肝病3个亚专科，病房有50%的病人来自急诊，病症复杂，病情危急，病势凶险。2010年专科主要病种肝硬化216人，急危重症比例75%，疑难症比例19%，平均住院日13.28天；急性胰腺炎177人，急危重症比例100%，疑难症比例17%，平均住院日11.99天；炎症性肠病82人，急危重症比例53%，疑难症比例19%，平均住院日12.33天；胆管结石288人，急危重症比例79%，疑难症比例9%，平均住院日11.92天；上消化道出血231人，急危重症比例75%，疑难症比例9%，平均住院日8.42天。面对急危重的患者提高医疗安全、医疗质量，改善病人满意度一直是我们工作的重点，2010年我们的门诊量140654人次，出院3311人次，急危重82.8%，平均住院日9.55天，床位使用率106.86%，病人满意度98.28%，甲级病史率100%，基础护理合格率99.9%，危重病人护理合格率99.9%。近3年内无一起重大医疗事故发生。优质的服务吸引了上海周边及外省市患者慕名而来，2010年外省患者占13.6%。风景优美设施齐全的松江新院更是为松江、青浦、奉贤、嘉善以及周边地区的患者的健康送去了福音。
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