全国治疗基底细胞腺瘤比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、北京世纪坛医院，3、北京大学口腔医院，4、北京中西医结合医院，5、中日友好医院等，基底细胞腺瘤属于口腔科，北京协和医院口腔科疾病医疗设施齐全，在口腔科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京世纪坛医院口腔科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京协和医院口腔科
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十年名列榜首。
第二名北京世纪坛医院口腔科
首都医科大学附属北京世纪坛医院（北京铁路总医院），毗邻北京中华世纪坛，原为铁道部北京铁路总医院，创建于1915年，1989年通过全国首批三级甲等医院评审，为北京市属综合医院，是首都医科大学附属医院、首都医科大学肿瘤医学院、北京大学第九临床医学院、北京市中西医结合肿瘤研究所及北京世纪坛医院医联体理事单位。
第三名北京大学口腔医院口腔科
北京大学口腔医院始建于1941年，是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体全面发展的大型口腔医院、口腔医学院和口腔医学研究机构。在2018“QS世界大学学科”排名中荣列口腔医学全球第15名，居中国内地第一名。医院口腔专科医疗服务规模世界领先。现有诊疗椅位632台，开放病床157张，临床科室15个，医技科室8个，职能部门健全，下属分支医疗机构5个，职工2500余人。
第四名北京中西医结合医院口腔科
北京市中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院;1989年纳入全国第一批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院;1994年，遵循国家中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院;1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心;2011年启动了博士后工作流动站工作;2016年医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院;2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。
第五名中日友好医院口腔科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。 [收起]