福建治疗病毒性脑炎比较好的三级医院有1、厦门市第三医院，2、三明市第二医院，3、龙岩市第二医院，4、福鼎市医院，5、泉州儿童医院等，病毒性脑炎属于传染科，厦门市第三医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；三明市第二医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名厦门市第三医院传染科
福建中医药大学附属厦门第三医院始创于1920年，是岛外一所历史悠久集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级乙等综合性医院、国家级爱婴医院、福建省道路交通事故伤员救治定点医院、国际紧急救援网络医院、“省级文明医院”、福建医科大学临床教学医院、福建省临床住院医师规范化培训基地。医院编制床位1000张，占地面积140亩，建筑面积9.3万平方米，内设13个党政后勤管理机构，38个业务科室，职工1460人，其中高级职称124人，中级职称282人。
第二名三明市第二医院传染科
三明市第二医院地处风景秀丽的中国优秀旅游城市、中国魅力城市永安。成立于1937年，前身是福建省立医院，至今已有70余年的历史。是一所融医疗、教学、科研、预防为一体的地市级综合性医院。2000年通过卫生部“三级乙等”医院评审，担负着三明地区及周边280多万人员的医疗救治任务。为三明市职工社会医疗保险、铁路职工社会医疗保险、三明市新型农村合作医疗定点医院。
第三名龙岩市第二医院传染科
龙岩市第二医院前身为1898年在厦门鼓浪屿创办的救世医院，后改名为厦门鼓浪屿医院。1970年3月迁往龙岩，改称福建生产建设兵团一师医院，1974年易名为福建生产建设兵团龙岩煤矿医院，1975年更名为龙岩地区煤矿医院，1977年由龙岩地区行政公署接管，改名为龙岩地区第二医院。1997年5月1日，龙岩撤地建市，医院随之更名为龙岩市第二医院。
第四名福鼎市医院传染科
福鼎市医院始建于1937年，为福建省首批县级三级乙等综合性医院，集医疗、教学、科研和预防保健于一体，是福建医科大学教学医院，附属协和医院协作医院，省肿瘤医院协作医院，南京军区福州总医院神经外科协作单位，为卫生部国际紧急救援中心网络医院，福建省交通事故医疗抢救定点医院。2011年步入“中国县级医院竞争力100强”行列。
第五名泉州儿童医院传染科
泉州市儿童医院创建于1990年元月,前身是福建一所侨建公办的儿童医院,。设NICU、PICU、新生儿、小儿外科、感染科、神经康复、肾脏血液、哮喘、小儿心血管中心、眼科、妇科、产科和VIP等十八个专业病区和相应的专科门诊。是“福建省新生儿疾病筛查中心泉州分中心”和“福建省新生儿救护中心泉州分中心”的所在医院。 [收起]