福建治疗巴尔通体病比较好的三甲医院有1、厦门市第二医院，2、福建协和医院，3、中山医院，4、厦门大学附属第一医院，5、福州市第一医院等，巴尔通体病属于传染科，厦门市第二医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；福建协和医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名厦门市第二医院传染科
厦门医学院附属第二医院（厦门市第二医院）前身为创办于1898年的鼓浪屿教会医院，2003年底根据市委市政府统一部署迁至集美区,承担着辖区及周边100余万群众的医疗、预防、保健、康复服务以及急重危难患者的诊治、区域内各种突发事件的紧急医学救治以及落实医改分级诊疗任务等。2015年成功晋级三级甲等综合性医院，2017年成为厦门医学院的直属附属医院，现已成为是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院。
第二名福建协和医院传染科
福建医科大学附属协和医院福建省血液病、内分泌、肝胆外科、胸心外科等11个省级研究所及其他11个校级研究机构挂靠医院。承担大量国家、省、部级科研项目，先后获得3项国家科技进步奖、国家自然科学奖，430余项省、部级等科研成果奖。协和临床医学院承担福建医科大学各相关专业的临床教学任务，福建省最早的临床医学博士、硕士点发端于我院，是国家临床教学培训示范中心、国家级住院医师、专科医师规范化培训基地、中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地。
第三名中山医院传染科
厦门大学附属中山医院（以下简称中山医院）始建于1928年，由爱国华侨和地方知名人士为弘扬中山先生“天下为公，造福社会”的精神捐资兴建而成，时任厦门大学校长、医学专家林文庆博士出任首任院长，2005年成为厦门大学首家附属医院，现已发展成为拥有4个院区（院本部、金榜分部、厦禾分部、环东海域医院[在建]），5家社区卫生服务中心，集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院。
第四名厦门大学附属第一医院传染科
医院有内、外、妇、儿、急诊、护理等25个临床教研室，现有临床教师1034人，博士生导师、硕士生导师107人，在院规培生及进修实习医学生1800余人（全市第1，全省第4）。现有20个国家级住院医师规范化培训基地，基地数量在闽西南地区最多最全。
第五名福州市第一医院传染科
福建医科大学附属福州市第一医院前身系1898年英国圣公会创办的福州柴井基督医院，是福州市属三级甲等综合医院， 医院医疗技术雄厚，拥有妇科、产科、肛肠科等3个省级重点专科，产科、妇科、呼吸与危重症医学科、消化内科、新生儿科、心血管内科、肾内科7个市级临床重点专科，配备有中心ICU和神经重症、产科重症、心脏重症、新生儿重症等多个学科ICU及救治系统，是福州市产前诊断中心、福州市产科危重症转诊机构。 [收起]