福建治疗百日咳比较好的三甲医院有1、厦门市第二医院，2、厦门大学附属第一医院，3、中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院，4、福州市传染病医院，5、福州市第一医院等，百日咳属于传染科，厦门市第二医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；厦门大学附属第一医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名厦门市第二医院传染科
厦门医学院附属第二医院（厦门市第二医院）前身为创办于1898年的鼓浪屿教会医院，2003年底根据市委市政府统一部署迁至集美区,承担着辖区及周边100余万群众的医疗、预防、保健、康复服务以及急重危难患者的诊治、区域内各种突发事件的紧急医学救治以及落实医改分级诊疗任务等。2015年成功晋级三级甲等综合性医院，2017年成为厦门医学院的直属附属医院，现已成为是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院。
第二名厦门大学附属第一医院传染科
医院有内、外、妇、儿、急诊、护理等25个临床教研室，现有临床教师1034人，博士生导师、硕士生导师107人，在院规培生及进修实习医学生1800余人（全市第1，全省第4）。现有20个国家级住院医师规范化培训基地，基地数量在闽西南地区最多最全。
第三名中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院传染科
中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院，原南京军区福州总医院九三医院）又称东方医院，建于1949年8月，是一家具有光荣历史的医院。经过半个多世纪的建设和发展，已成为学科齐全，技术力量雄厚，设备先进，诊疗环境优良，集预防、医疗、保健、教学、科研为一体的大型综合性“三级甲等医院”。医院是国家卫生部国际紧急救援网络医院、福建省“120”医疗急救网络医院、省交通事故救治定点单位以及省、市医保首批定点医疗机构。医院由院本部、第二住院部、莆田95临床部、宁德442临床部、福州476临床部组成。医院院本部位于
第四名福州市传染病医院传染科
福建医科大学孟超肝胆医院是一所集医疗、教学、科研和新技术研发于一体的大专科小综合三级甲等专科研究型医院，医院承担全省各种肝病、肝癌及感染病的诊治、培训、会诊和教学任务，拥有肝胆外科及肝移植、肝病及消化内科、中西医结合肝病、感染病、肝病介入、重症医学及血液净化、影像及检验等特色专业，多学科、多专业优势互补，形成完善的肝病、肝癌及感染病临床综合诊疗技术平台，是省内具备综合救治疑难危重肝病和肝癌能力的医疗单位。
第五名福州市第一医院传染科
福建医科大学附属福州市第一医院前身系1898年英国圣公会创办的福州柴井基督医院，是福州市属三级甲等综合医院， 医院医疗技术雄厚，拥有妇科、产科、肛肠科等3个省级重点专科，产科、妇科、呼吸与危重症医学科、消化内科、新生儿科、心血管内科、肾内科7个市级临床重点专科，配备有中心ICU和神经重症、产科重症、心脏重症、新生儿重症等多个学科ICU及救治系统，是福州市产前诊断中心、福州市产科危重症转诊机构。 [收起]