北京治疗小儿克罗恩病比较好的三甲医院有1、北京二龙路医院，2、北京中医药大学东直门医院，3、北京市平谷区中医医院，4、首都医科大学附属北京朝阳医院西院，5、大兴中医院等，小儿克罗恩病属于肛肠科，北京二龙路医院肛肠科疾病医疗设施齐全，在肛肠科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京中医药大学东直门医院肛肠科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京二龙路医院肛肠科
北京市肛肠医院(北京市二龙路医院)创立于1937年，是一所以治疗肛肠疾病为特色，融医疗、教学、科研、预防为一体的医保定点二级甲等医院。2012年成立了“北京市肛肠疾病研究院”。医院设有肛肠外科、内科、外科、妇科、中医科、口腔科、眼科、五官科、骨科、针灸科、皮科等27个临床科室11个医技科室，下设德胜社区卫生服务中心及七个社区卫生服务站。2012年7月在西城区德外大街16号高科技园区内北院区投入使用，床位总量达到400张，医院建筑总面积3.9万平方米。
第二名北京中医药大学东直门医院肛肠科
东直门医院是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等中医医院，是国家中医临床研究基地，是国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，是世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地，是国家住院医师规范化培训示范基地，是首批全国示范中医院、北京市医疗保险定点医院，是国家级中医学实验教学示范中心，是教育部大学生校外实践教育基地。
第三名北京市平谷区中医医院肛肠科
平谷区中医医院始建于1986年，是一所集中、西医医疗、康复、教学、科研为一体的综合性二级甲等中医医院，在医疗建设中，坚持以中医为主，中西医结合的方针，坚持突出中医特色和发挥中医药优势。以中药、针灸、推拿、康复训练、药治等中医传统疗法为主，结合现代医疗手段开展临床医疗。特别是在专科专病建设上，针灸科、康复科、推拿科、骨伤科、肛肠科等专科特色医疗，已被社会广泛认可。
第四名首都医科大学附属北京朝阳医院西院肛肠科
首都医科大学附属北京朝阳医院创建于1958年2月24日，是北京市卫生 局直属医院，是集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，是首都医科大学第三临床医学院，医疗特色学科包括呼吸病学学科（国家重点学科）、心脏病学学科、泌尿病学学科、职业病与中毒医学学科、高压氧医学学科、器官移植学科、急诊医学学科、危重症医学学科、病理产科、检验医学学科，其中多个被确定为北京市重点学科、北京市医学重点学科或北京市医学重点扶植学科。
第五名大兴中医院肛肠科
1.发展历程。医院始于1983年建设的大兴县中医门诊部，1993年迁现址成立大兴县中医医院。2008年被国家中医药管理局列为“全国中医医院中医文化建设重点建设单位”，2008年5月成为“北京中 [收起]