北京治疗肛瘘比较好的三甲医院有1、北京中医药大学东直门医院东区，2、中国中医科学院广安门医院，3、北京市平谷区中医医院，4、中国人民解放军总医院第八医学中心，5、中国医学科学院肿瘤医院等，肛瘘属于肛肠科，北京中医药大学东直门医院东区肛肠科疾病医疗设施齐全，在肛肠科疾病治疗方面有着丰富的经验；中国中医科学院广安门医院肛肠科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京中医药大学东直门医院东区肛肠科
北京中医药大学东直门医院东区(原北京市通州区中医医院)坐落于北京的东大门, 始建于1982 年，目前拥有专业技术人员557人，高级职称60人，中级职称152人，研究生78人，博士生8人。科室齐全，设心病科、脑病科、康复科、内分泌科、脾胃病科、肺病科、外科、妇科、肛肠科、骨伤科等二十余个科室，拥有国家级重点专科3个，为脑病科、肺病科、心病科。针灸推拿科为北京特色专科，区级重点专科3个。
第二名中国中医科学院广安门医院肛肠科
中国中医科学院广安门医院(暨中国中医科学院第二临床医药研究所)始建于1955年，是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，是中央干部保健基地，全国“示范中医医院”，2008北京奥运会和残奥会定点医院，北京市医疗保险A类定点医院，首都文明单位标兵，中央国家机关文明单位标兵，首都卫生系统文明单位标兵，中央国家机关平安先进单位，ISO9001质量管理认证单位，还是世界卫生组织传统医学合作中心组成单位，国家食品药品监督管理局国家药物临床实验机构，卫生部西医学习中医教学
第三名北京市平谷区中医医院肛肠科
平谷区中医医院始建于1986年，是一所集中、西医医疗、康复、教学、科研为一体的综合性二级甲等中医医院，在医疗建设中，坚持以中医为主，中西医结合的方针，坚持突出中医特色和发挥中医药优势。以中药、针灸、推拿、康复训练、药治等中医传统疗法为主，结合现代医疗手段开展临床医疗。特别是在专科专病建设上，针灸科、康复科、推拿科、骨伤科、肛肠科等专科特色医疗，已被社会广泛认可。
第四名中国人民解放军总医院第八医学中心肛肠科
总参谋部总医院(解放军第309医院)是京西北地区唯一的三级甲等综合医院，医院目前展开床位1430余张，设置有国家和军队重点学科全军结核研究所、全军器官移植研究所、全军骨科中心等45个专业学科，年均门急诊约140余万人次、收容住院4万余人次、手术例数达2万余人次。
第五名中国医学科学院肿瘤医院肛肠科
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是建国以来第一家肿瘤专科医院、亚洲地区最大的肿瘤防治研究中心，是国家临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究基地，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。 [收起]