全国治疗月经不调比较好的三甲医院有1、北京中西医结合医院，2、北京中医药大学附属护国寺中医医院，3、北京中医药大学东直门医院，4、首都医科大学附属北京中医医院，5、陆军总医院等，月经不调属于中医科，北京中西医结合医院中医科疾病医疗设施齐全，在中医科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京中医药大学附属护国寺中医医院中医科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京中西医结合医院中医科
北京市中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院;1989年纳入全国第一批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院;1994年，遵循国家中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院;1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心;2011年启动了博士后工作流动站工作;2016年医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院;2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。
第二名北京中医药大学附属护国寺中医医院中医科
护国寺中医医院是北京市最早的公立中医医疗机构。早在六十年代，就作为北京中医学院(现北京中医药大学)的教学、实习医院，医院开设有内、外、针灸、肿瘤、骨科8个病区;门诊设有内、外、针、骨、妇、儿、皮、眼、五官、口腔、急诊及放射、CT、检验、心电、超声、心脑功能捡查、手术室、中西药房、中西药制剂等科室20余个;有普通门诊、专家门诊为患者提供优质服务，全国著名中医内科专家许彭龄教授等众多专家定期应诊。
第三名北京中医药大学东直门医院中医科
东直门医院是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等中医医院，是国家中医临床研究基地，是国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，是世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地，是国家住院医师规范化培训示范基地，是首批全国示范中医院、北京市医疗保险定点医院，是国家级中医学实验教学示范中心，是教育部大学生校外实践教育基地。
第四名首都医科大学附属北京中医医院中医科
北京中医医院始建于1956年，是北京市唯一的一所市属综合性、现代化三级甲等中医医院。承担着北京市中医医疗、教学、科研、预防等任务。医院下设北京市中医研究所、北京市中药研究所、北京市国际针灸培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心。是首都医科大学中医药临床医学院、北京中医药大学教学医院、北京市中医住院医师(全科医生)规范化培训基地。目前，北京中医医院分别被国家中医药管理局评为治未病基地、中医药国际合作基地、中医急诊临床基地、中医适宜技术推广基地、中医药标准化研究推广基地、全国中医医院信息化示范单位，为北京市A类费用免审医疗保险定点医院。
第五名陆军总医院中医科
陆军总医院成立于1913年，分东、西两院。东院位于北京市东三环麦子店，西院位于北京市东四繁华商业区，是一所历史悠久、设备精良、技术先进，集预防、保健、医疗、科研、教学、康复为一体的大型综合性医院。床位1600余张;下设50个专科、70多个专业，是解放军第二军医大学北京临床医学院、第三、第四军医大学临床教学医院，1995年5月被总后勤部授予“三级甲等医院”，2001年被北京市确定为首批医疗保险定点医院。 [收起]