全国治疗肛门直肠脓肿比较好的三甲医院有1、中国中医科学院西苑医院，2、北京大学肿瘤医院，3、首都医科大学附属北京儿童医院，4、首都医科大学附属北京中医医院，5、陆军总医院等，肛门直肠脓肿属于中医科，中国中医科学院西苑医院中医科疾病医疗设施齐全，在中医科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京大学肿瘤医院中医科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中国中医科学院西苑医院中医科
中国中医科学院西苑医院（简称“西苑医院”）创建于1955年12月，是新中国成立后由中央人民政府建设的第一所大型中医医院。经过60多年的发展，现已成为一所中医特色突出，诊疗优势明显，在国内国际具有较大影响力，集医疗、科研、教学、保健为一体的三级甲等综合性中医医院。
第二名北京大学肿瘤医院中医科
北京大学肿瘤医院设有34个临床科室，14个医技科室，17个基础研究科室,开放床位776张。全年门诊量66万人次，年收治病人7.8万人次，手术近1.6万例。医院职工近2400人，在编职工中正高级职称124人，副高级职称211人。 北京大学肿瘤医院有国家重点学科1个(肿瘤学)、国家临床重点专科2个(肿瘤科、病理科)、北京市重点学科4个(北京市胃癌防治中心、北京市乳腺癌防治中心、北京市影像介入治疗中心、超声诊断中心)、北京市中医管理局重点学科1个(中西医结合科暨老年肿瘤科)，全国名老中医药专家传承工作室1个，北京学者工作室1个，是恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室。
第三名首都医科大学附属北京儿童医院中医科
首都医科大学附属北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。医院总占地面积7万平方米，建筑面积12万平方米，编制病床970张，年门诊量300余万人次，住院病人7万余人次，手术逾2.3万例。2017年，医院被国家卫生健康委(原国家卫生计生委)批准成为国家儿童医学中心，2019年被批准设立国家儿童肿瘤监测中心，为儿童血液病、恶性肿瘤防控提供大数据支撑。
第四名首都医科大学附属北京中医医院中医科
北京中医医院始建于1956年，是北京市唯一的一所市属综合性、现代化三级甲等中医医院。承担着北京市中医医疗、教学、科研、预防等任务。医院下设北京市中医研究所、北京市中药研究所、北京市国际针灸培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心。是首都医科大学中医药临床医学院、北京中医药大学教学医院、北京市中医住院医师(全科医生)规范化培训基地。目前，北京中医医院分别被国家中医药管理局评为治未病基地、中医药国际合作基地、中医急诊临床基地、中医适宜技术推广基地、中医药标准化研究推广基地、全国中医医院信息化示范单位，为北京市A类费用免审医疗保险定点医院。
第五名陆军总医院中医科
陆军总医院成立于1913年，分东、西两院。东院位于北京市东三环麦子店，西院位于北京市东四繁华商业区，是一所历史悠久、设备精良、技术先进，集预防、保健、医疗、科研、教学、康复为一体的大型综合性医院。床位1600余张;下设50个专科、70多个专业，是解放军第二军医大学北京临床医学院、第三、第四军医大学临床教学医院，1995年5月被总后勤部授予“三级甲等医院”，2001年被北京市确定为首批医疗保险定点医院。 [收起]