南京军区南京总医院放射治疗科的前身隶属于中央医院放射科，为放射科中的放射治疗组，国内外著名学者荣独山教授、黎光煦教授曾先后担任中央医院的放射科主任。正式开展放射治疗工作是在抗战胜利后的1946年。引进当时先进的美国250mA Keleket深部治疗机和200-1000MCi镭锭、镭管、子囊、镭针及45mA接触治疗机，是全国最早开展肿瘤放射治疗的少数医院之一。1952年又引进了200mA深部治疗机和浅层治疗机，1964年购置了钴-60治疗机，奠定了现代放射治疗的基础。后由于建制变更，放射治疗设备移交，于1981年放射治疗工作中断。1993年，为适应医院建设发展的需要，重建放射治疗科，购置了Siemens M6740直线加速器、Siemens MevaSim 模拟定位机，1994年购置铱-192后装治疗机，1996年引进德国Ficher头部X刀，2000年开展体部三维立体适形放射治疗，2004年引进瑞典Elekta Precise Sli直线加速器，开展代表21世纪放射治疗技术的调强适形放射治疗。目前拥有直线加速器2台，X线模拟定位机1台，PET/CT模拟定位机1台，放射治疗计划系统2台。放射治疗科现有医师5名(博士2名，硕士2名)，物理维修人员2名(硕士2名)，技师5名。可完成各种恶性肿瘤及良性病临床放射治疗及科研工作;具有计算机放射治疗计划设计、适形照射、适形调强照射、超分割治疗技术的经验。为进一步提高放射治疗科的技术装备水平，医院将购置高剂量率后装治疗机和放射粒子植入设备。
南京军区总医院放疗科依托综合性大医院的优势，走肿瘤综合治疗之路，与临床各科室密切配合，目前放疗科收治病种有脑瘤、鼻咽癌、上颌窦癌、口腔恶性肿瘤、肺癌、食道癌、乳腺癌、纵隔肿瘤、胰腺癌、直肠癌、淋巴瘤、妇科恶性肿瘤、前列腺癌、腹膜后肿瘤、脊髓肿瘤、脊柱肿瘤、椎体血管瘤、疤痕疙瘩等。2004年，放疗科与呼吸科、胸外科等多学科联合成立肺部肿瘤综合治疗协作中心，使肺癌病人得到合理治疗。放疗科承担大量脑肿瘤病人的放射治疗、脑瘤的X刀治疗，对中枢神经系统肿瘤的放射治疗有着丰富的临床经验。放疗科与腹部外科密切配合，开展肿瘤病人的肠内营养。与泌尿外科密切配合，作好肾癌、输尿管癌、膀胱癌、前列腺癌的综合治疗。
南京军区南京医院放射治疗科以院训为指导精神，以病人为中心，为部队和地方患者提供优质的服务
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