普外科建科近四十年来，十分重视科室的内涵建设，坚持医疗为重点、技术为核心、教学为基础、科研为龙头的建科方针，经几代人的努力，现已发展成为江苏省医学临床重点专科，是江苏省普外科领域的一个重要组成部分。
普外科现拥有四个病区共计134张床位，已设立四个三级临床专科即肝胆外科、胃肠外科、微创外科、甲状腺乳腺外科，并下辖肝胆外科研究所、普外实验室、胆道镜室。每年收治患者近5万人次，手术3千多例，门急诊量4.5万人次，治愈好转率常年保持在95%以上。 普外科医疗实力雄厚，人材济济，现拥有教授、主任医师16名，副教授、副主任医师13名，讲师、主治医师11名，其中博士后3名，博士7名，硕士23名，硕士研究生导师15名。
普外科十分注重新手术、新技术在临床的应用，常规开展各种特殊部位的肝癌切除术(包括第八肝段、中肝、尾状叶切除术)，并在苏中、苏北地区首先开展同种异体背驮式全肝移植术，常规开展扩大的胰十二指肠根治性切除术、复杂的胆道手术、低位直肠癌保肛根治性切除术、早期乳腺癌保乳根治术、布-加氏综合征介入治疗术、各种无张力疝修补术、经胆囊管纤维胆道镜胆总管探查取石术、射频消融治疗肝肿瘤术，相继开展了腹腔镜下胆囊切除术、脾切除、小肠肿瘤切除、肝囊肿开窗引流术等。率先在省内引进纤维胆道镜技术，目前共取石3千多例，获得江苏省卫生厅新技术引进一等奖等多种奖项，保持国内先进水平。开展了各种有效的肝硬化门脉高压症手术，其中改进的Hassab手术已完成300多例，手术取得了较满意的疗效，并获得江苏省卫生厅新技术引进二等奖。目前所有三甲医院重点科室规定的手术，均可在南通医学院附属医院普外科常规施行。
普外科多年来已完成国家、省、市级以上科研项目30多项，获得省级科研成果奖4项，省厅新技术引进奖7项，市级科研成果奖20多项。在省级以上期刊上发表了学术论文500多篇，其中SCI收录、中华级40篇;出版专著十多本。目前承担国家自然科学基金资助课题2项、省自然科学基金资助课题3项、省医学重点人才项目1项、省人事厅“六大人才高峰”资助项目2项、市、院级课题14项。 先后主办和承办了多期国家级、省级继续教育项目，是江苏省卫生厅高级医师进修基地。
普外科获得国务院特殊津贴的资深专家3人，省医学重点人才1人，省“333工程”中青年科学技术带头人1人，省高校“青蓝工程”中青年学术带头人培养对象1人，省“六大人才高峰”高层次人才培养对象2人，南通市“226高层次人才培养工程”中青年创新创业领军人才1人，南通市专业技术拔尖人才3人，南通市新世纪学术技术带头人6人。
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