泌尿外科是南通市重点临床专科，正式建科于1978年，2010年有专科床位35张，专业技术人员9人，其中高级职称3人，中级职称5人，硕士以上学位6人，其中博士学位1人，目前硕士在读2人。
泌尿外科专科特色：科室配备科瑞达钬激光碎石系统、东芝BK-520体外冲击波碎石机、德国KARL-STORZ尿道膀胱镜、输尿管镜以及气压弹道碎石机、WOLF输尿管肾镜、全套腹腔镜系统、美国顺康(CIRCOM-ACMI)前列腺电切镜、MUF-C型自动尿流率计、美国巴德穿刺活检器，图文工作站。目前全科以微创泌尿外科、泌尿系统肿瘤为发展主体，同时兼顾男科学、小儿泌尿外科、女性泌尿外科的建设。2004年以来，该科借鉴国内外最新经验，参照AUA、EUA等最新进展，制定了一系列规范化诊疗指导，在江苏省泌尿系统规范化治疗中处于先进地位。
泌尿外科科室形成以腹腔镜手术和结石微创治疗为特色的品牌。腹腔镜手术：肾癌和肾盂癌根治、乳糜尿肾蒂淋巴管结扎、肾切除、肾上腺肿瘤切除、肾囊肿去顶减压、精索静脉高位结扎、以及高难的腹腔镜UPJ成型术和腹腔镜全膀切除及前列腺癌根治术。结石微创治疗：ESWL(体外冲击波碎石术)、URL(输尿管镜下气压弹道、钬激光碎石术)、B超定位下MPCNL(微创经皮肾镜碎石)，使95%以上的结石患者免于开刀的痛苦。上世纪90年代初期，开展了经尿道前列腺电切术(TURP)，已为近千例老年人前列腺增生症患者解除了排尿困难，康复出院快，免除开放手术的痛苦。该科还完成了回肠代输尿管术、回肠可控膀胱术、肾癌根治术、前列腺癌根治术、TVT治疗女性压力性尿失禁，复杂性尿道狭窄手术等大型手术。目前正在筹建泌尿外科结石诊治基地。开设男性专科诊治，对男性不育、男性性功能障碍的患者提供服务。
泌尿外科学科优势：2004年8月至2010年12月共有立项课题2项，南通大学校级课题1项，发表论文共30余篇，其中在国家核心期刊发表论文共20余篇，其中SCI收录1篇，参编专著2本(人民卫生出版社)。获市科技引进奖6项，并承担了南京医科大学和南通大学医学院的教学和临床带教任务。2009年在省级以上核心统计源杂志上发表文章3篇。首次在泌尿外科江苏省年会上进行大会交流发言。获南通市新技术引进奖1项。2009年开展四项新技术，主要为腔镜方面。
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