针灸科创立于上世纪50年代，由全国老中医药学术继承指导老师盛燮荪主任中医师创设。现有主任中医师1名，副主任中医师2名，主治中医师1名，中医师3名。其中硕士研究生1名。担任有中国针灸学会理事、浙江省针灸学会理事、浙江针灸学会针灸文献副主任委员、嘉兴市针学会副会长兼秘书长等。嘉兴学院副教授1名，浙江中医药大学硕士研究生导师1名。
该科对风湿病、神经系统、呼吸系统、消化系统、运动系统疾病的治疗有丰富的经验。运用针刺、中药、耳穴、穴位注射、灸法、“冬病夏治”等方法治疗风湿性关节炎、类风湿性关节炎、颈椎病、腰椎肥大、腰椎间盘突出症、肩周炎、网球肘、软组织损伤、腱鞘囊肿、中风后遗症、脑动脉硬化症、心律失常、各种头痛、失眠、面神经炎、慢性支气管炎、哮喘、咯血、胃炎、胃十二指肠溃疡、结肠炎、消化不良、胆囊炎胆石症、前列腺炎、前列腺肥大、阳萎、痛风、肥胖症、黄褐斑、带状疮疹、寻常疣、痛经、遗尿症、脑性瘫痪、小儿营养不良、近视、中心性视网膜炎、耳鸣耳聋、过敏性鼻炎、戒烟等。其专业技术水平达到省内领先、国内一流。
针灸科以门诊为主，病区会诊为辅开展业务工作。年门诊量3万人次左右。有来自江苏、上海及省内各地病人。
开展有“浙江古代针灸学术源流研究”“浙江近代针灸学术研究”“针刺耳穴神门治疗脑动脉硬化症临床研究及机理探讨”“腧穴配伍理论形成及其发展规律的研究”等四项省级科研项目。获省卫生厅科技成果三等奖一项，浙江省中医药科技创新三等奖一项，市科技成果三等奖二项。在国内外杂志发表论文200余篇，出版学术专著6部，获省市优秀论文奖6次。举办国家级继教项目一项。
近年来接受了美国、日本、韩国、马里、台湾等国家和地区的学者进修学习。
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