心外科始建于1997年4月，由著名心脏外科专家肖明第教授创立并担任主任。现由袁忠祥主任担任科室主任。科室建立十几年来，规模发展到了48张床位，术后监护室7张床，成为医院重点科室，收到了良好的社会效益。
心外科最早大规模地开展冠脉搭桥手术。近年手术患者的平均年龄高达68.6±10.8岁（年龄最大者89岁）。并与本院心内科、急诊科、导管室等科室联合成立了心脏病急救中心，负责急诊搭桥手术。中心拥有虹口中心医院、吴淞医院等18家本市协作医院，建立了高效的急救网络。
心外科努力提高常规冠状动脉搭桥手术水平的同时，心外科积极探索微创冠脉外科手术，先后开展了诱导室颤下搭桥、不停跳（off-pump）搭桥，采用U-clip缝线和symmetry静脉主动脉近端吻合器等冠脉吻合技术，此外开展了MIDCAB以及各种小切口心内直视手术。
心外科于1999年初在华东地区率先开展激光心肌血管重建术（TLMR），位居国内领先地位。瓣膜病是我国心脏病患病率最主要的病种，我科开展了大量的工作。其中包括合并冠脉搭桥术等，挽救了许多晚期心脏瓣膜病人的生命，同时还开展小切口瓣膜手术。1999年在上海首先进行了机械臂二尖瓣置换术。心外科现在已常规开展了具有国际先进水平的外科房颤消融术（包括瓣膜病合并房颤、冠心病合并房颤病人的手术），获得了良好的临床效果。2000年4月完成同种心脏移植，存活至今，生活质量良好。为上海存活时间最长的病例。
心外科常规开展各类先天性心脏病手术，其中包括各类复杂先心病，如大血管转位、右室双出口、单心房、单心室、Ebstain畸形等，收到良好效果。完成各种大血管手术近百例，包括Bentall术、Carbroll术、全弓置换、胸腹主动脉置换、象鼻手术，股动脉瘤等疗效达国内先进水平。同时，心外科还开展先天性心脏病的介入治疗和夹层动脉瘤血管内支架隔绝术，成功率达99%以上。
心外科近年来一共完成了各类局市国家级课题15项，均及时通过验收，培养博士后3名，博士6名、硕士12名，共发表论文400篇，参与编写专业书籍3部，主编书籍3部，申请专利3项。并在我院松江分院（南院）成功开展了常规体外循环手术，填补了松江地区这类手术的空白。目前心外科拥有教授、主任医师3人，副主任医师6人，主治医师3人，住院医师2人。
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