药剂科承担着全院的药品采购、管理和调配工作，是直接面向病人的窗口服务部门和临床辅助科室。药剂科由药库、门诊药房、急诊药房、中药房、发热药房、传染药房、住院药房、手术室药房、静脉药物配置中心、临床药学室、药物研究室等部门构成。目前全科拥有药学专业技术人员40余名，其中主任药师1人，副主任药师1人，主管药师9人。近年来，药剂科人员学历层次也得到进一步提高，现拥有博士生1人，硕士研究生3人，本科生 21 人，大专生 12 人。
【医疗特色】
药剂科在保证全院的药品供应的基础上，严格院内药品管理，保证药品质量。此外，着重发展临床药学工作，提高合理用药水平。为此，目前除药品采购、药品入库、药品配发工作外，开展的工作还包括：静脉药物集中配置、药品不良反应监测、用药咨询、药师下临床服务、处方点评、抗菌药物动态监测等。
近年来药剂科重视药学服务质量的提高，不断深化药学服务的内涵，拓展服务的外延，提出“药师服务在您身边”的口号。在院内开展多项便民服务，如为病人提供特殊药品保存服务；拆零药品说明书服务；代采购药品服务；药物使用咨询服务；为敬老院、福利院老人买药开辟绿色通道服务等。在院外加强合理用药知识的传播，进入社区、学校为居民及小学生们讲述“如何看药品说明书”、“如何整理家庭小药箱”、“如何预防传染病”、“中西药联用的相互作用”等药学知识内容，帮助大家提高合理用药意识，也帮助小朋友从小建立合理用药的概念。
药剂科在医院领导的关心，科室主任的带领，全体成员的共同努力下，曾获得“2006－2007年度上海交通大学医学院文明班组”称号；“2009年度上海市模范职工小家”称号；“2010年度上海市巾帼文明岗”称号；“2010年度上海市卫生系统世博医疗卫生保障工作先进班组”称号；“2012年度上海市共青团号”；“2012年度上海市教育系统三八红旗集体”称号等。
【学科建设】
药剂科是上海交通大学医学院药理学硕士点和博士点，目前已招收并培养研究生10余名。作为教学医院，承担了许多教学任务，带教蚌埠医学院、徐州医学院、上海医药高等专科学校等高校本科生、大专生的实习工作。
近年来，科室在科主任的带领下学术氛围浓厚、治学严谨，结合临床开展了药理学、药代动力学、药物流行病学、药事管理学和药品不良反应等多方面的研究。近年来在《PLoS one》、《International Journal of Nanomedicine》、《Journal of Ethnopharmacology》等SCI收录的期刊上发表论文6篇，并在《中国新药与临床杂志》、《中国临床药理学与治疗学》、《中国临床药理学杂志》、《中南药学》等核心期刊上发表论文30余篇；并承担了国家自然基金、上海市科委、上海市教委、上海市卫生局等多项局级以上课题的研究；参与《医疗机构的药品不良反应监测》、《社区医院用药指导》、《肾脏疾病合理用药手册》等专著的编写；定期出版《药学通讯》；定期更新《药品手册》等。
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