针灸科前身为中医科的一个组，建于1981年。随着医院发展的需要，在1992年组建针灸科，徐宗副教授任主任。1993-1994年度，针挑科一度并入针灸科。针灸科现有主任医师2名、副主任医师1名、主治医师2名，其中博士1名、硕士2名。建科以来，全科人员以中国传统中医学的针灸疗法结合现代针灸治疗器械治疗疾病，每年接诊的国内及国外病人约2万人次，开展的针灸常规疗法及特殊疗法有10多种，治疗临床各科病症100多种。
针灸科同时作为针灸学教研室还承担了《保健针灸学》、《针灸学基础》、《临床针灸学》、《针灸学》、《针灸治疗学》、《高级针灸学》等各层次课程的教学，并于每年上半年举办1期针灸提高班，以国家考试委员会制定的国际针灸医师技术考试大纲为基本内容，且颁发相应的学习证书，该培训班现已办18期。近年来，先后完成了《针灸学多媒体教学系列软件》的CAI课件，其中《常用腧穴学》获1999年广东省高教厅优秀教学软件二等奖、教育部“通力杯”创作大赛三等奖、中华医学会电教学会教学软件一等奖，《毫针刺法》获2000年广东省教育厅优秀教学软件一等奖，《耳针》获2001年广东省教育厅优秀教学软件一等奖，该系列教学软件的研制工作并获暨南大学2001年优秀教学成果二等奖，并开设了《针灸治疗学》网络课程。另外还主持了“针灸治疗痛证的研究”的广东省继续医学教育项目和多项教学研究项目。有3位教师先后被评为优秀教师。
针灸科还开展了科研活动和研究生、进修生等的培养工作。其研究方向主要在针灸治疗中风、痛证、失眠症及肥胖症等方面，先后主持及参加了各级科研课题20多项，出版专著20多部，发表学术论文100多篇，参加国际国内学术会议50余人次，并有1项科研项目获省级科技成果二等奖。何扬子、赵仓焕主任医师作为中西医结合临床专业的硕士生导师招收培养硕士研究生30多名。科室先后接收了国内外进修生、实习生400多名。随着全球针灸热的兴起，针灸学术交流不断增多，科室接待了约25个国家和地区的300余人次的参观、学习和交流。同时数名医师也应邀出访泰国、印尼、香港和澳门等国家和地区进行学术交流和诊治疾病。
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