莆田学院附属医院是福建省最早的医院之一，创建于1896年（清光绪廿二年），前身系英国教会创办的“兴化圣教医院”，1912年改称“莆田圣路加医院”，1953年改名“莆田医院”，2003年升格为“莆田学院附属医院”，2009年挂牌“南方医科大学附属莆田医院”。2012年经市委、市政府批准成立“莆田学院附属医院医疗集团”，现已发展成为一所集医疗、教学、科研、急救、预防、康复、保健为一体的国家级三甲医院。现为国际紧急救援中心网络医院、国家级爱婴医院、全国综合医院中医药工作示范单位、福建省道路交通事故伤员救治定点医院、福建省城镇职工医疗保险定点医院、福建省医保联网医院。医院（新旧两区）占地总面积近300亩，总建筑面积24万多平方米，开放床位2200张。现有教职员工2500余人，其中享受国务院政府特殊津贴专家4人，高级职称410余人，省人事厅批准的教授、副教授47人，博士生导师和硕士生导师16人，博士后、博士及硕士320余人。设有68个临床医技科室，40个病区，52种专业。目前有1个院士工作站、17个市医学分会及8个质控中心挂靠我院。目前年门诊量170万多人次，年出院病人8万人次，年手术例数3万多例，居全市之首。医院医疗、教学、科研相得益彰，是国家级住院医师规范化培训基地，是福建医科大学、福建中医药大学教学医院。2004年医院与莆田学院临床医学系实现院系合一，现为莆田学院附属临床学院，设有7个医学研究所、16个临床教研室，1个医学博士联合培养点，9个医学硕士联合培养点。医院与时俱进，不断加大学科建设力度，以骨科、呼吸与危重症医学科2个省级重点专科以及胸心外科、感染性疾病科、儿童重症医学科等5个市级重点学科为龙头，积极开展新技术、新疗法、新项目，带动各临床学科全面发展，形成“院有品牌，科有特色，人有专长”的人才技术层次。共有国家自然科学基金项目1项，卫生部科技二等奖1项，省政府科技二等奖、三等奖3项，省医药卫生及护理科技奖2项，先后有70多项科研项目获市级科技进步奖。同时建立了福建省儿童救治和产前筛查诊断莆田分中心、莆田市生殖医学中心。医院精神文明建设硕果累累，获全国百名优秀爱婴医院、全国工人先锋号、全国巾帼文明岗、全国青年文明号、全国五四红旗单位，8次荣膺福建省文明单位，获福建省先进基层党组织、福建省卫生系统先进集体、福建省院务公开示范单位等称号。
