心血管内科前身为内科教研室隶属下的心血管病专业组,1980年正式编制为心血管内科,初建时床位20张,设心电图室和心功能检查室。1981年开始招收硕士研究生,1987年开始招收博士研究生,1991年被批准成为临床医学博士后流动站。是国家首批硕士、博士学位授权点和博士后流动站。2002年成为国家卫生部药品临床研究基地。2005年成为国家中医药管理局重点学科“中西医结合临床心血管学科”。现有病床60张,其中含12张CCU病床。全科共有工作人员62人,其中高级技术职称人员10人,中级及其他职称人员52人。
　　心血管内科病房配备了先进的监护和检查仪器。CCU病房具有国内一流的抢救治疗设备。所属的心电图室、动态心电和动态血压检查室、运动平板检查室、超声心动图检查室、心导管室、冠心病实验室均具有先进的检查设备和高水平的医技人员。学科紧跟国际心脏病学发展的步伐,在分子心脏病学的研究、冠心病介入诊疗、心律失常的射频消融及高血压、高血脂、心力衰竭、先心病诊治方面具有起步早、发展快的特点,是上海市最早开展人工心脏起搏和消融的单位之一；是较早进行双腔起搏器安装术和房间隔缺损封堵术的单位之一。目前心血管内科主要收治冠心病、高血压、心律失常、心力衰竭、先心病等病种,每年进行介入诊断与治疗的患者达总住院病人的70%。学科发展紧紧围绕：冠心病、急性心肌梗死的综合优化诊治；心律失常的起搏器及射频消融治疗；高血压、高血脂、心力衰竭的综合诊治等三个方向稳步前进。先心病经介入诊疗也已形成特色。
　　心血管内科承担了第二军医大学五年制、七年制本科及大专等多个教学班次的《诊断学》、《内科学》、《心电图学》的教学任务及研究生的教学任务。培养了博士后3名,博士62名,硕士116名,外国留学生18名。许多毕业的研究生在学术界已有较大的影响,不少已成为当地医院的学科带头人或医院领导。每年有20余名的进修人员来该科深造。科室紧抓自身人才培养,先后选派5名学术骨干到美国、德国等国家学习和工作,回国后对学科建设发挥了重要作用。还开设了国家级继续教育项目《现代介入心脏病学》。在急性冠脉综合征、冠脉再狭窄、心肌葡萄糖转运等课题的研究中成绩显著。对动脉粥样硬化易损斑块早期诊断和防治的研究、强化骨髓干细胞心肌移植存活性的中药筛选及应用研究、房颤线形射频消融和防治研究、抗高血压新药“雅静胶囊”的开发研究等已经取得明显进展。多次承担国家自然科学基金、国家重点基础研究(973计划)项目、上海市重点科学技术发展基金、军队十五规划项目基金等多项研究课题。累计获科研基金达706万元。先后参与20余种新药的临床验证和军内协作研究课题,现为国家卫生部新药临床试验研究基地。
　　心血管内科近年在国内、外专业杂志上发表论文300余篇,SCI收录15篇,单篇最高分值12分。出版心脏能量学（第二军医大学出版社,2002）、冠状动脉再狭窄的理论与实践（第二军医大学出版社1999）、现代介入心脏病学实用技术（重庆出版社,1997）等专著10余部。获军队科技进步奖二、三等奖共六项,上海市科技进步二等奖一项,江苏省科技进步二等奖一项（联合）。河北省科技进步一等奖一项（联合）。中国中西医结合学会科技进步一等奖一项（联合）。
　　心血管内科在优质医疗服务方面也颇具特色,近年来,心内科先后3次被评为校先进科室并荣立集体三等功（1995,2002和2005年）,曾经被评为校高尚医德先进单位、上海市卫生局文明规范服务先进病区。5年内共有1人次获上海市银蛇奖和全军青年标兵称号,个人三等功18人次,68人次受到解放军总后勤部、第二军医大学及长征医院嘉奖。