普外科经过几代人的努力，特别是近三十年来的发展，已经成为涵盖普外科各专业的一个综合学科。胃肠外科是其主要专业之一。胃肠外科二(28病区)组建于2003年，在我院普外科学科发展上有着举足轻重的地位，现为安徽省临床医学特色专科，皖南医学院重点学科，国家硕士学位授予点，是皖江南临床、教学、科研中心。
一.科室设置：
胃肠外科二(28病区)位于住院部综合大楼二十层西侧。目前科室床位50张，并建立有外科实验室和临床培训基地。
二.人员结构：
在职医师12人，其中主任医师3人，副主任医师6人，主治医师2人，住院医师1人，硕士研究生导师3人，博士2人，硕士研究生6人。安徽省中、青年跨 世纪学术和技术带头人1人，获省政府特殊津贴1人。
三.临床医疗：
胃肠外科二(28病区)主要诊治消化系统各种疾病和腹部外科其他疾病。是以胃肠外科、肛肠外科、腔镜外科、腹壁外科为主体的特色专科，主要诊治如：胃肠道疾病，各种肛肠疾病，胰腺疾病，腹壁疾病、腹膜后疾病、甲状腺疾病、门脉高压症。同时开展普外乳腺疾病、胆道疾病的诊治。
围绕消化系统和肛肠疾病开展基础研究和临床治疗：
(1)消化道肿瘤内分泌治疗的研究，达到国内先进水平。
(2)胃肠道肿瘤统一标准化规范化根治术，达到国内先进水平。
(3)胃肠道疾病的微创治疗：07年起开展腔镜下胃癌、直肠癌及结肠癌根治术，09年起与消化内科合作开展双镜联合下胃肠道疾病的微创治疗，处于省内前列。
(4)消化道疾病围手术期肠内外营养支持治疗，有专业医师，为手术治疗提供有力的安全保障。
(5)胃肠道瘘的综合治疗，达到省内领先水平。
(6)肛瘘痔疮的综合治疗，率先开展混合痔PPH手术。
(7)胰腺疾病：扩大的胰十二指肠切除术。
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